Une nouvelle recherche menée par Arstechnica révèle qu’une mystérieuse lignée fantôme d’hominines en Afrique a laissé des traces durables dans l’ADN des populations humaines modernes, représentant environ 0,5 à 1,1 pour cent de notre génome actuel et partageant un ancêtre commun avec les humains d’il y a plus de 800 000 ans.
L’étude de l’ADN humain moderne continue de révéler des chapitres cachés de notre histoire évolutive. Au-delà des contributions bien connues des Néandertaliens et des Denisoviens, les généticiens ont mis au jour la présence significative d’une lignée fantôme d’ancêtres humains en Afrique, selon les informations publiées par Arstechnica.
L’utilisation de l’outil TRACE pour identifier la lignée fantôme
Pour détecter ces segments génétiques dissimulés, les chercheurs ont eu recours à un nouvel outil d’analyse nommé TRACE. Afin de tester son efficacité, l’équipe a d’abord validé l’application sur des séquences néandertaliennes et dénisoviennes déjà identifiées dans le génome humain, un passage obligé pour s’assurer de sa fiabilité.
Le développement des graphes de recombinaison ancestrale étant toujours en cours, les chercheurs ont combiné deux outils différents pour générer ces graphiques, en ne conservant que les résultats les plus performants. Cette méthode combinée a produit un taux de faux positifs très faible, inférieur à un quart de pour cent, tout en affichant un taux de précision supérieur à 90 pour cent, d’après les données rapportées par Arstechnica.
Une empreinte génétique présente dans toutes les populations modernes
Lorsque l’analyse a été étendue à environ 500 génomes humains modernes, l’outil TRACE a non seulement extrait les segments attendus de Néandertal et de Denisova, mais il a également mis en lumière une quantité importante d’ADN provenant de cette lignée fantôme.
Cette signature génétique se retrouve dans l’ensemble des populations humaines modernes, ce qui indique que le métissage avec cette population mystérieuse s’est produit avant l’expansion hors d’Afrique. Toutefois, les populations africaines présentent des segments plus diversifiés et certains éléments distincts, une conséquence directe de la diversité qui s’est perdue lorsque seule une fraction de la population totale s’est installée en Eurasie.
Une divergence estimée à plus de 800 000 ans
En se basant sur le dernier ancêtre commun des séquences étudiées, les chercheurs estiment que cette lignée fantôme a divergé des ancêtres des humains modernes il y a plus de 800 000 ans. Cette chronologie place cette séparation à peu près à la même époque que la divergence avec l’ancêtre des Néandertaliens et des Denisoviens.
De surcroît, les segments de la lignée fantôme découverts dans le génome humain sont, en moyenne, plus courts que ceux hérités de Néandertal et de Denisova. Ce constat démontre que ces fragments circulent dans le génome humain moderne depuis plus longtemps, ce qui concorde avec l’hypothèse de leur arrivée avant le départ des premiers humains hors du continent africain.
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