La composition du microbiome intestinal des nourrissons a-t-elle changé pendant la pandémie de COVID-19 ?

Une étude récente publiée dans Rapports scientifiques ont comparé la composition du microbiome intestinal du nourrisson avant et pendant la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19).

La pandémie de COVID-19 a introduit des changements dramatiques dans l’environnement des enfants et des familles, tels que les fermetures d’écoles, la diminution de l’accès à l’extérieur et de la socialisation, des changements dans l’exposition aux polluants et les habitudes d’hygiène, l’augmentation du temps passé à l’intérieur et des changements dans le fonctionnement de la famille.

De plus, la pandémie pourrait avoir eu un impact sur la physiologie de l’enfant, en particulier sur le développement du microbiome intestinal. Comprendre comment les changements liés à la pandémie dans les environnements physiques et sociaux ont influencé le microbiome intestinal du nourrisson est essentiel pour discerner les impacts plus larges sur le développement de l’enfant.

À propos de l’étude

Dans la présente étude, les chercheurs ont comparé les microbiomes intestinaux des nourrissons avant et après le début de la pandémie de COVID-19. Les nouveau-nés nés après ou à 36 semaines de gestation à New York sans retard de développement ou neurologique ont été inclus. Les données ont été recueillies pour la première fois d’avril 2018 à décembre 2019, lorsque les nourrissons étaient âgés de trois mois.

Au cours de cette période, les soignants ont rempli des sondages sur la santé mentale et la démographie. Les questions portaient sur le sexe du nourrisson, l’origine ethnique, la race, l’éducation de la personne qui s’occupe de l’enfant, le revenu familial, l’allaitement et les difficultés matérielles du ménage. Les soignants ont prélevé des échantillons de selles de nourrissons de 12 mois de décembre 2018 à décembre 2020 et ont réalisé une autre série d’enquêtes.

À cette époque, ils ont fourni des informations sur l’allaitement, l’alimentation du nourrisson, l’exposition des animaux de compagnie et l’utilisation d’antibiotiques ou de probiotiques. En outre, les soignants ont rempli l’inventaire d’anxiété d’état/trait (STAI), l’échelle de stress perçu (PSS) et l’échelle de dépression postnatale d’Édimbourg (EPDS) lorsque les nourrissons avaient trois mois, et le questionnaire de santé du patient 9 (PHQ-9) et PSS à l’âge de 12 mois.

L’équipe a effectué le séquençage de l’ARNr 16s et généré des estimations de la diversité alpha, en se concentrant sur les indices de Shannon et Chao1. Des tests du chi carré et des tests t ont été utilisés pour comparer les caractéristiques environnementales et démographiques des groupes pré-pandémique et pandémique. Des mesures présentant des différences significatives ont été utilisées dans les analyses ultérieures.

Des régressions linéaires multiples et des tests t ont été effectués pour déterminer les différences de groupe dans la diversité alpha. La diversité bêta a été estimée; Les distances UniFrac pondérées et non pondérées basées sur la phylogénie ont été calculées. Une analyse multivariée permutationnelle de la variance a été utilisée pour tester les différences entre les groupes dans la diversité bêta, et l’homogénéité de la dispersion a également été mesurée.

Résultats

Cinquante-quatre nourrissons et leurs soignants ont été inclus. Trente-quatre et 20 soignants ont fourni des échantillons de selles de nourrissons avant et pendant la pandémie, respectivement.

Il n’y avait pas de différences significatives dans le statut socio-économique, les facteurs liés au mode de vie, la démographie raciale, les difficultés matérielles et la santé mentale des soignants entre les groupes pré-pandémiques et pandémiques. Cependant, l’apport quotidien moyen en matières grasses a considérablement augmenté après la pandémie.

En tant que tel, l’équipe a évalué les corrélations entre l’apport quotidien moyen en graisses et les mesures de la diversité alpha du microbiote intestinal. Une association négative a été observée entre l’apport quotidien moyen en matières grasses et la diversité Chao1. La diversité de Shannon n’était pas significativement différente entre les échantillons pré-pandémiques et pandémiques. En revanche, les échantillons pandémiques avaient une diversité Chao1 inférieure à celle des échantillons pré-pandémiques.

De plus, il n’y avait aucune association entre la date d’échantillonnage (depuis la pandémie) et la diversité Chao1 ou l’indice de Shannon dans le groupe pandémique. Les échantillons pandémiques étaient moins dispersés que les échantillons pré-pandémiques en utilisant la distance UniFrac pondérée. L’homogénéité de la dispersion a été violée en utilisant la distance UniFrac pondérée mais pas la distance UniFrac non pondérée.

Ainsi, la diversité bêta a été testée à l’aide de la distance UniFrac non pondérée. Les chercheurs ont noté des différences significatives dans la richesse microbienne intestinale entre les échantillons pandémiques et pré-pandémiques. De plus, l’abondance relative des taxons de la Pasteurellacées famille et Haemophilus genre était plus faible chez les nourrissons pendant la pandémie qu’auparavant.

De plus, l’équipe a observé une association négative entre l’abondance des taxons de Bifidobactériacées et les jours depuis le début de la pandémie. Enfin, une analyse de sensibilité a été réalisée en excluant les nourrissons récemment exposés aux antibiotiques. Cela a révélé une diversité Chao1 significativement plus faible dans les échantillons pandémiques que dans les échantillons pré-pandémiques ; La diversité de Shannon n’était pas différente.

conclusion

En résumé, les résultats révèlent une diversité alpha significativement plus faible du microbiome intestinal chez les nourrissons après le début de la pandémie de COVID-19, avec une richesse microbienne significativement différente, par rapport aux échantillons pré-pandémiques. De plus, les échantillons pandémiques présentaient une plus faible abondance de taxons de la Haemophilus genre et Pasteurellacées famille.

Les résultats impliquent que les perturbations liées à la pandémie ont eu un impact sur la diversité du microbiome intestinal au niveau communautaire et sur l’abondance de taxons spécifiques au cours de la petite enfance. D’autres études sont nécessaires pour déterminer si ces différences microbiennes intestinales persistent dans le temps et leurs implications sur les résultats liés à la santé des enfants.