La variante Delta pourrait s’être “mutée jusqu’à l’extinction” au Japon, selon les chercheurs

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En juillet, le Japon a été touché par sa plus grande vague de COVID-19 à ce jour. Poussés par l’introduction de la variante Delta, plus infectieuse, les cas ont atteint un record de près de 26 000 cas quotidiens, plus de quatre fois celle de la vague qui la précède. Puis, aussi rapidement que les cas augmentaient, ils diminuaient à nouveau, et dans les deux mois suivant le pic, les cas se reposent désormais à environ 140 par jour. Les scientifiques sont conscients que l’augmentation rapide était due à la variante Delta, mais ils n’ont pas compris comment les cas ont chuté alors que d’autres pays continuent de lutter contre le virus.

Maintenant, des chercheurs de l’Institut national de génétique du Japon ont suggéré que la variante Delta pourrait être victime de son propre succès – la souche à mutation rapide pourrait s’être muté jusqu’à l’extinction au Japon. Selon le Temps du Japon, Ituro Inoue et ses collègues pensent que le virus a acquis une mutation dans sa protéine de correction d’erreurs, permettant aux erreurs génétiques de s’accumuler à un degré tel qu’il ne pourrait plus se répliquer.

Bien que ce ne soit probablement pas la première fois qu’un virus s’autodétruise sous le poids de sa propre évolution rapide, il s’agit d’un phénomène mal documenté et d’une chance pour la nation.

“Nous avons été littéralement choqués de voir les résultats”, a déclaré Inoue au Japan Times dans une interview.

« La variante delta au Japon était hautement transmissible et excluait les autres variantes. Mais au fur et à mesure que les mutations se sont accumulées, nous pensons qu’il est finalement devenu un virus défectueux et qu’il était incapable de se copier. Considérant que les cas n’ont pas augmenté, nous pensons qu’à un moment donné au cours de telles mutations, il s’est dirigé directement vers son extinction naturelle. »

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L’idée a commencé lorsque les chercheurs se sont penchés sur les profils génomiques de la variante Delta et les ont comparés aux variantes Alpha. On s’attendait à ce que la variante Delta soit extrêmement diversifiée, avec de multiples lignées partant de la souche d’origine. Au lieu de cela, ils ont découvert que la variante Delta n’avait en réalité que deux groupes principaux, avant qu’elle ne semble s’arrêter brusquement. La variante Delta, du moins au Japon, n’était plus en train de muter et de diverger en sous-lignées.

En regardant plus profondément, les chercheurs ont examiné la protéine virale nsp14. Cette protéine s’est déjà révélée être une enzyme de relecture dans les virus à ARN – c’est-à-dire à chaque fois que le code génétique du virus se réplique, nsp14 parcourt le matériel génétique nouvellement créé pour s’assurer qu’aucune erreur ne s’est produite. Des mutations dans les enzymes de relecture sont catastrophiques pour les organismes qui ne se répliquent pas souvent, donc dans un virus (qui pénètre dans la cellule, se réplique en milliers de virions et éclate de la cellule hôte en environ 10 heures), une enzyme défectueuse signifierait une catastrophe totale.

Ils ont trouvé de multiples changements génétiques sur un site au sein de nsp14, appelé A394V. Ces mutations semblent contribuer à un virus paralysé incapable de se répliquer, ce qui pourrait expliquer comment la variante Delta a tout simplement disparu du Japon en quelques mois.

La théorie est certainement intéressante mais n’explique pas tout à fait pourquoi le virus infirme l’emporterait sur la souche dominante. Il y a bien sûr d’autres explications – le Japon a l’un des plus hauts les taux de vaccination et les gens sont extrêmement disciplinés lorsqu’ils portent des masques, ce qui signifie que les épidémies dans les zones peuplées sont susceptibles d’être annulées rapidement. Cependant, il met certainement en évidence une raison possible de la baisse des cas, et suggère même une thérapeutique possible contre les virus à ARN.

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