Une étude internationale publiée dans la revue Nature révèle que la bactérie de la peste tuait des familles entières de chasseurs-cueilleurs en Sibérie orientale il y a 5 500 ans. Près de 40 pour cent des restes humains testés dans des sites funéraires du lac Baikal contenaient l’ADN de Yersinia pestis, démontrant une létalité précoce bien avant l’ère urbaine.
La peste est traditionnellement associée aux rongeurs, aux cités médiévales surpeuplées et aux épidémies dévastatrices qui ont ravagé l’Europe au Moyen Âge.
À cette époque reculée, l’infection décimait de petits groupes mobiles de chasseurs-cueilleurs en Sibérie orientale, bien avant l’apparition de l’agriculture et de la vie urbaine qui caractérisent habituellement les grandes flambées épidémiques.
L’ADN ancien révèle des souches ultra-létales près du lac Baikal
Une équipe internationale de chercheurs a analysé l’ADN ancien extrait de restes humains provenant de quatre sites funéraires de chasseurs-cueilleurs situés dans la région du lac Baikal, en Sibérie orientale. En séquençant le matériel génétique préservé dans les dents, les scientifiques sont parvenus à reconstituer d’anciens génomes bactériens et à identifier des souches de peste jusqu’alors inconnues.
Que les formes les plus anciennes de peste aient été bénignes ou virulentes a fait l’objet de débats, mais nos résultats démontrent que ces souches anciennes étaient déjà hautement létales. Eske Willerslev, professeur à l’Université de Copenhague et à l’Université de Cambridge
Pour reconstituer la chronologie de ces tragédies préhistoriques, l’équipe a croisé les indices génétiques avec des analyses archéologiques et des datations au radiocarbone.
À partir de l’ADN de la peste, des relations génétiques entre les victimes, de l’analyse archéologique et de la datation au radiocarbone, nous avons dressé un tableau extrêmement clair et complet de ce qui s’est produit lors de ces flambées épidémiques. Ruairidh Macleod, chercheur post-doctorant à l’Université d’Oxford et ancien étudiant en doctorat à l’Université de Cambridge
Les examens menés sur 46 individus ont permis de détecter l’ADN de Yersinia pestis
— la bactérie responsable de la peste — chez 18 d’entre eux.
Des familles décimées et un mystère archéologique résolu
Des recherches antérieures avaient établi que les souches anciennes de Yersinia pestis
étaient dépourvues de certaines caractéristiques génétiques qui permettront plus tard à la peste bubonique de se propager efficacement par l’intermédiaire des puces et des rongeurs hôtes. De ce fait, la communauté scientifique présumait souvent que ces versions primitives de la bactérie ne pouvaient pas provoquer de graves épidémies.
Les nouvelles données bousculent cette certitude. Dans les deux plus grands cimetières étudiés, les archéologues ont découvert une proportion anormalement élevée d’enfants et de jeunes adolescents parmi les défunts. Pendant des décennies, les chercheurs s’étaient interrogés sur les raisons de cette surmortalité juvénile sur une période aussi restreinte.
Le nombre anormalement élevé d’enfants et le laps de temps court constituaient une véritable énigme que nous essayions de résoudre depuis les années 1990. Découvrir que la peste en était la cause est extraordinaire, mais cela fait tellement de sens. Andrzej Weber, archéologue à l’Université de Alberta et chercheur principal du Baikal Archaeology Project
Les analyses au radiocarbone indiquent que ces décès se sont produits de manière rapprochée dans le temps. Dans certains cas, des fratries semblent avoir succombé simultanément, tandis que d’autres tombes renferment des parents et des enfants emportés au cours du même épisode épidémique.
Un superantigène toxique et la piste des marmottes
L’analyse des souches anciennes a également mis en lumière un facteur génétique distinctif : un superantigène producteur de toxines qui est absent des souches historiques de la peste. Ces superantigènes provoquent une réaction intense du système immunitaire, susceptible d’entraîner des inflammations sévères et d’accroître considérablement la dangerosité de l’infection.
Cette découverte modifie notre compréhension des plus anciennes épidémies de peste : même avant que la bactérie ne développe une transmission efficace par les puces, ces souches anciennes semblent avoir été porteuses d’une combinaison puissante de facteurs de virulence susceptibles de rendre l’infection hautement létale. Martin Sikora, professeur associé à l’Université de Copenhague
Ces éléments accréditent l’hypothèse selon laquelle la peste aurait émergé en Asie centrale ou du nord-est avant de se diffuser à travers l’Eurasie par l’intermédiaire de populations de rongeurs sauvages. Les données archéologiques montrent que les chasseurs-cueilleurs de la région du lac Baikal entretenaient des contacts étroits avec les marmottes, de grands rongeurs fouisseurs qui abritent toujours le bacille de la peste de nos jours.
Les chercheurs soupçonnent ainsi que ces foyers préhistoriques ont pu s’enclencher par la transmission directe de la maladie des marmottes infectées vers les êtres humains, démontrant que le pathogène disposait d’un potentiel destructeur bien avant l’essor des agglomérations denses et des épidémies portées par les puces.
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