Les trois variantes les plus dangereuses du coronavirus et qui concernent l’OMS pourraient déjà circuler dans le pays

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Le test de diagnostic qui est effectué pour savoir si une personne est infectée ou non par le virus Sars-CoV-2 c’est celui de “Réaction en chaîne par polymérase »mieux connue sous le nom de PCR. Ce test détecte la présence du virus à partir d’un échantillon d’écoulement nasal, mais n’est pas en mesure de détecter à quel type de variant il correspond.

En d’autres termes, pour savoir si le virus qui a infecté une certaine personne correspond au variante britannique, Sud africain ou de Amazonie brésilienne, il est nécessaire de réaliser un séquençage génomique, autre test qui passe en revue attentivement chacune des 30 mille sphères (nucléotides) qui composent le matériel génétique du coronavirus.

Ces informations sont comparées aux Premier génome de Sars-CoV-2 qui était connue il y a un an et qui correspond au génome libéré par les chercheurs chinois du virus découvert à Wuhan. En fonction des modifications que vous avez, vous pouvez déterminer à quelle variante il appartient.

Tel que défini par le Organisation mondiale de la santé (OMS), à ce jour, trois variantes sont préoccupantes: la variante identifiée au Royaume-Uni (B.1.1.7), en Afrique du Sud (501Y.V2) et Brésil (B.1.1.248, également connu sous le nom de P.1). En général, en plus du numéro qui les identifie, les variantes sont également connues par l’endroit où elles ont été détectées.

Micrographie électronique à balayage montrant une cellule (vert-brun) infectée par le virus Sars-CoV-2 (couleur rose). PHOTO: REUTERS

De ces trois mutations, deux sont déjà au Chili. Selon le Reporte Circulation des variants Sars-CoV-2 au Chili Publié vendredi dernier par Département d’épidémiologie du ministère de la SantéAu 25 février 2021, 34 cas de variante B.1.1.7 (variante britannique) ont été identifiés et parmi ceux-ci, 76% correspondent à des cas de nationalité chilienne. Les 34 cas sont répartis dans les régions d’Antofagasta, Atacama, Valparaíso, Metropolitana, Maule, Los Ríos et Los Lagos.

Parmi ces cas, 32 sont associés à des personnes venues de l’étranger (cas importés) et contacts étroits. Cependant, deux cas index isolés ont été détectés sans antécédents de voyage à l’étranger ou de contact avec des personnes ayant voyagé.

“Pour la variante P.1, le 30 janvier 2021 le premier cas avec cette variante a été détecté au Chili, séquencé par l’Institut de santé publique. Jusqu’au 25 février 2021, 14 cas avec cette variante ont été signalés, dont 11 sont de nationalité chilienne », indique le document. Où sont-ils? Région métropolitaine, Los Lagos et Valparaíso. Douze de ces cas sont des voyageurs qui viennent d’un voyage à l’étranger du Brésil et du Pérou, et deux correspondent à des cas secondaires d’un de ces voyageurs.

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Jusqu’à présent, de la variante sud-africaine, il n’y a pas de détection dans le pays.

Jorge Fernández, chef du sous-département de génétique moléculaire de la Institut de santé publique (ISP), explique que selon la surveillance qui a été menée jusqu’en janvier, aujourd’hui au Chili plusieurs souches du virus Sars-CoV-2 circulent mais celles qui prédominent ces derniers mois sont les variantes connues sous le nom de B.1.1, B.1.1.33, B.1.1.1 et N4. Ce dernier circule depuis novembre de l’année dernière.

La P.1, et B.1.1.7, ont été détectés chez des voyageurs, sauf pour un échantillon et un autre provenant d’un Chilien qui était lié à un voyageur mais qui constituait un problème de diagnostic. Ils n’ont pas été détectés dans la population générale mais cela ne veut pas dire qu’ils ne circulent pas, il ne peut être exclu qu’ils le soient et il faut donc être vigilant et continuer à surveiller, car on ne peut pas dire que nous sommes libres », dit Fernández.

PHOTO: REUTERS

Tout au long de la pandémie, dit Fernández, 1132 séquences ont été réalisées au niveau des pays, 150 d’entre eux entre décembre et janvier. Sur le total, environ 750 ont été fabriqués par le FAI.

Sont-ils suffisants? Mario Calvo, infectologue du Université Austral (UACH), indique qu’avoir plus de génotypage n’a pas de seuil spécifique dans lequel on dit que cette information permet de prendre des mesures qui changent la pandémie, donc avec cet objectif, il est difficile de parler de quantités et de dire si ce chiffre est beaucoup ou peu. “Cependant, avoir séquencé un pourcentage aussi faible ne donne pas l’assurance d’avoir une clarté sur les souches ou mutations qui peuvent circuler dans le pays.”

Miguel Allende, directeur de la Centre de régulation du génome du programme Fondap et une partie de l’équipe Consortium Génomes CoV2 (CGC) coordonné par Ministère des sciences, estime que cette quantité de séquençage est faible. Dans la pratique, seul le FAI effectue ces analyses, le travail avec le consortium et les universités a été lent, reconnaît-il.

Il y a des équipes et des professionnels afin que le séquençage puisse être effectué dans toutes les régions du pays, mais les ressources et la volonté feraient défaut. Allende rappelle qu’au début de la pandémie, quelque chose de similaire s’est produit avec les diagnostics PCR: c’est le FAI qui a fait la majorité, mais plus tard un système a été mis en place qui a ajouté plus de laboratoires et il a été possible de travailler en réseau avec les universités pour se développer. capacité.

Photo: AFP

“Avec le nombre de séquences que nous avons, il n’y a aucune possibilité d’évaluer la prévalence des variants au Chili, nous savons qu’ils le sont, mais nous ne savons pas à quel point ils sont abondants. Avec ce niveau d’analyse d’échantillons, on ne peut pas dire qu’il n’y a pas de transmission communautaire. Il est normal d’effectuer des contrôles à l’aéroport, mais cela doit être complété par des analyses d’échantillons aléatoires et dans tout le pays, pas seulement dans les lieux ou les personnes où cela est suspecté », insiste Allende.

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Concernant l’augmentation actuelle des cas, le directeur de la Centre de régulation du génome du programme Fondap Il dit que cela peut être dû au comportement des gens, à l’assouplissement des mesures, mais il se peut aussi que la circulation des variantes l’explique.

Le ministre de Science, technologie, savoir et innovation, Andrés Couve, souligne qu’hier, ils ont eu la troisième réunion de cet effort au cours de laquelle nous travaillons avec des chercheurs de la Consortium Genomas CoV2, la Société chilienne de génétique, chercheurs des universités de la région métropolitaine et régionale, ISP et Minsal.

«Nous avons entamé un travail de coordination entre le secteur public et l’académie pour compléter la capacité de séquençage génétique dont dispose aujourd’hui l’ISP et ajouter de la valeur au processus en établissant des normes, en augmentant les capacités au niveau national, en analysant et en gérant les accords avec les universités », explique-t-il.

Le but, dit Couve, est d’augmenter notre capacité de séquençage qui est aujourd’hui de 0,12% et de se rapprocher – à travers une stratégie que Minsal mettra en place – de pays comme les Etats-Unis, qui se situent à un niveau de 0,49%. Concernant les références, Nous étudions le modèle britannique, qui est loin d’être la norme dans d’autres pays avec une capacité de séquençage de 6%.

L’infectologue du Hôpital clinique de l’Université du Chili et coordinateur de Conseil consultatif des vaccins et de l’immunisation (Cavei), Jeannette Dabanch, estime que les tensions préoccupantes circulent déjà dans le pays. «Nous ne faisons pas d’études de séquençage communautaire, je pense qu’elles sont déjà au Chili. Ces variantes sont hautement transmissibles et sont plus graves que les autres que nous avions, ils sont plus graves, ils provoquent une réinfection, ils peuvent infecter des personnes qui avaient déjà été infectées par d’autres souches auparavant. Le virus a réussi à continuer à rendre notre tâche difficile », dit-il.

Pour ce spécialiste, le séquençage effectué ne suffit pas et un soutien urgent en ressources est nécessaire pour que le FAI puisse augmenter la quantité d’analyses qu’il effectue puisqu’il est en charge de la surveillance.

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En entrant dans le pays, les étrangers doivent avoir un PCR négatif.

Selon le jugement de Dabanch, la surveillance et le séquençage des échantillons de passagers arrivant dans le pays via l’aéroport ne suffisent pas et il est inutile si les analyses génomiques ne sont pas effectuées sur des échantillons de la population générale. “Nous devons faire des recherches plus actives et pas seulement associées aux cas.”

Faire plus de séquençage des virus n’est pas une tâche facile. Il faut davantage d’équipements et de personnes capables de faire les analyses, car la machine – qui coûte plusieurs dizaines de millions de pesos – n’est pas une solution en soi, dit Vivian Luchsinger, virologue et chercheuse du Institut des sciences biomédicales (ICBM) de Faculté de médecine de l’Université du Chili.

Expliquez également que toutes ces variantes préoccupantes sont susceptibles de circuler à un moment donné dans le pays. “P.1 est plus transmissible et selon les dernières publications, la réponse immunitaire au vaccin pourrait ne pas être aussi efficace, c’est un problème”, dit-il. En ce qui concerne la Variante sud-africaine, le chercheur indique que les virus voyagent avec des personnes et dans cette logique le plus grand risque est avec la variante du Brésil et celle du Royaume-Uni.

Mais le danger peut être encore plus proche de l’intérieur du pays. “Le virus varie tellement que des changements peuvent survenir au Chili ou dans les pays voisins, partout dans le monde. A chaque réplication du virus, des mutations peuvent survenir. Plus un pays ou une communauté est infecté, plus il est probable que de nouvelles variantes émergent », déclare Luchsinger.

Javier Tinoco, infectologue de Clinique Universidad de los Andes,, souligne qu’il est clair que tant que les frontières ouvertes se poursuivent et que les voyages à l’étranger et l’entrée dans le pays sont autorisés, il existe un risque accru de présenter des cas de variantes classées comme préoccupantes Organisation mondiale de la santé (OMS). Le plus important, dit-il, est que ceux qui entrent dans le pays suivent un protocole indépendant de la nationalité et sont mis en quarantaine à leur arrivée.

«Nous avons plus de relations avec le Brésil et le Royaume-Uni qu’avec l’Afrique du Sud, mais un seul cas suffit et cela suffit pour qu’il commence à circuler.. Par conséquent, l’alerte doit être permanente. Les trois variantes (britannique, amazonienne et sud-africaine) peuvent produire plus de cas, des cas plus graves et une surcharge hospitalière », indique Tinoco.

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