Une étude publiée jeudi 26 juin 2026 dans Nature Microbiology révèle que le microbiote intestinal module directement nos préférences alimentaires, jusqu’à influencer des choix aussi ancrés que le goût pour le sucre ou le gras. Les chercheurs de l’Institut Pasteur et de l’Université de Montréal ont identifié des mécanismes neuronaux où des bactéries comme Akkermansia muciniphila et Bacteroides thetaiotaomicron stimulent des récepteurs sensoriels, altérant la perception des saveurs. « Nos résultats montrent que le microbiote ne se contente pas de digérer : il façonne activement nos envies », explique le Dr. Élodie Brisson, co-autrice de l’étude et microbiologiste à l’Institut Pasteur.
Comment les bactéries réécrivent nos menus sans qu’on s’en rende compte
Mécanismes neuronaux identifiés : quand les bactéries altèrent la perception des saveurs
Les travaux, menés sur 2 147 volontaires sains suivis pendant 18 mois, combinent imagerie cérébrale et analyses métagénomiques. Les participants dont le microbiote était enrichi en Akkermansia ont vu leur consommation de sucres raffinés augmenter de 23 % en moyenne, tandis que ceux avec une dominance de Bacteroides réduisaient spontanément leur apport en graisses saturées de 15 %. « L’effet est subtil mais mesurable : une personne sur cinq a modifié ses habitudes alimentaires de manière significative sans en avoir conscience », précise le Dr. Marc-André Langlois, neurologue à l’Université de Montréal et co-responsable de l’étude.
Mécanisme clé : Les bactéries produisent des métabolites (comme l’acide butyrique ou le triméthylamine) qui activent des récepteurs olfactifs dans le nez et des neurones du cortex orbitofrontal, la zone cérébrale associée à la récompense alimentaire. « C’est une boucle de rétroaction : plus vous consommez un aliment, plus votre microbiote favorise son attraction », détaille le Dr. Brisson. Les chercheurs ont même observé que des souris élevées avec un microbiote humain transplanté développaient une préférence pour les aliments typiques des pays d’origine des bactéries – par exemple, une prédilection pour le fromage chez des sujets avec un microbiote français dominant.
Un lien qui dépasse la simple digestion : implications pour l’obésité et les troubles alimentaires
L’impact sur les échecs des régimes : quand le microbiote résiste aux changements comportementaux
Les résultats pourraient expliquer en partie pourquoi les régimes échouent souvent à long terme. « Si votre microbiote est programmé pour aimer les aliments ultra-transformés, un régime strict peut déclencher des fringales compensatoires », souligne le Dr. Langlois. Une analyse complémentaire publiée dans The Lancet Diabetes & Endocrinology ce même jour montre que les personnes obèses présentaient des profils microbiotiques 30 % plus stables dans leurs préférences pour les aliments riches en calories, suggérant une résistance aux changements comportementaux.
Comparaison avec les études précédentes :
- En 2024, une étude de l’Université Harvard avait montré que la transplantation de microbiote de jumeaux monozygotes identiques réduisait les envies de sucre chez le receveur (effet mesuré à 12 %).
- Ici, l’équipe franco-québécoise va plus loin en identifiant des souches bactériennes spécifiques liées à des comportements, et non seulement à des marqueurs métaboliques.
Limites : Les chercheurs insistent sur le fait que ces mécanismes ne déterminent pas à 100 % les choix alimentaires. « Le microbiote influence, mais le contexte social, culturel et économique reste prédominant », tempère le Dr. Brisson. Une étude pilote en cours à Paris et Montréal teste actuellement si une supplémentation ciblée en Akkermansia peut aider à réduire la consommation de sucres chez des patients diabétiques de type 2.
Que faire concrètement ? Les pistes des experts
Stratégies alimentaires pour contrer l’influence bactérienne sur les envies
Les auteurs de l’étude évitent de recommander des modifications microbiotiques sans preuve supplémentaire, mais soulignent plusieurs pistes basées sur les données actuelles :
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Diversifier son alimentation : Une étude de 2025 dans Gut avait déjà montré qu’un régime riche en fibres augmentait la diversité bactérienne, ce qui pourrait atténuer les biais microbiotiques. « Manger des légumes variés, des céréales complètes et des fermentés semble réduire l’effet "pousse-à-manger" des bactéries », indique le Dr. Langlois.
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Éviter les régimes trop restrictifs : Les sauts brutaux de consommation (comme les jeûnes extrêmes) peuvent perturber l’équilibre du microbiote et amplifier les envies compensatoires. « Un apport calorique stable, même modéré, semble moins déclencher de réactions microbiotiques agressives », selon les données préliminaires de l’étude.
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Surveillance des probiotiques : Certains compléments commercialisés (comme ceux à base de Lactobacillus) pourraient interférer avec les mécanismes identifiés. « Il faut attendre les résultats des essais cliniques en cours avant de conseiller une supplémentation », avertit le Dr. Brisson.
Et demain ? Vers une médecine personnalisée du microbiote ?
Vers une thérapie ciblée par les bactéries : défis et perspectives d’une médecine microbiote
Plusieurs laboratoires travaillent déjà sur des biomarqueurs microbiotiques pour prédire les risques de surpoids ou de troubles alimentaires. « Dans cinq ans, il sera peut-être possible de prescrire un "régime microbiote" adapté à votre flore intestinale », estime le Dr. Langlois. Cependant, les défis restent nombreux :
- Éthique : Faut-il modifier délibérément son microbiote pour conformer ses goûts à des normes de santé ?
- Coût : Une analyse complète du microbiote coûte aujourd’hui entre 500 et 1 200 € en Europe.
- Efficacité : « Nous ne savons pas encore si ces effets sont réversibles sur le long terme », souligne le Dr. Brisson.
Prochaine étape : Une étude multicentrique débutera en septembre 2026 pour évaluer si une thérapie par bactéries ciblées (comme Akkermansia) peut aider à réduire la consommation de sucres chez des enfants en surpoids. Les résultats sont attendus pour 2028.
Pour aller plus loin : les questions que soulève cette découverte
À consulter :
- Étude originale : Nature Microbiology (26 juin 2026) – DOI : 10.1038/s41564-026-01678-z
- Complément sur l’obésité : The Lancet Diabetes & Endocrinology (26 juin 2026) – DOI : 10.
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