Tous les quelques mois au cours des deux premières années de la pandémie, nous avons entendu le nom d’une nouvelle variante du coronavirus qui avait émergé et était encore mieux adaptée pour nous infecter ou nous rendre gravement malades. Des millions de personnes sont mortes de l’une des dix variantes nommées d’après les lettres grecques, d’alpha à mu. Puis en novembre 2021, omikron, une version très différente du virus, est apparue. Au cours des dix derniers mois, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) n’a pas annoncé de noms de nouvelles variantes. La question est donc : le développement du virus s’est-il arrêté ?
Décédé au moins une fois par jour au cours des trois derniers mois trois cents américains environ 50 000 nouvelles infections causées par de nouvelles souches d’omikron ont été signalées aux États-Unis en septembre : BA.2, BA.2.12.1, BA.4 et BA.5. Le taux d’infection parmi les résidents des maisons de retraite aux États-Unis est neuf fois plus élevé qu’à la fin avril et en août le taux de mortalité dans ce groupe a presque quadruplé, selon les données de l’AARP Public Policy Institute et du Scripps Gerontology Center de l’Université de Miami. Au Royaume-Uni, où les chiffres préfigurent souvent les tendances aux États-Unis, le nombre d’infections symptomatiques n’a cessé d’augmenter depuis le 27 aoûtle jour avec le moins d’infections cette année selon les données de l’étude ZOE COVID-19, dans lequel les patients signalent des symptômes via une application. Bien que l’OMS n’ait pas attribué sa propre lettre grecque à ces récents descendants d’omikrons, les experts craignent que les nouveaux rappels et traitements n’aient aucun effet sur ces variantes, provoquant une nouvelle vague d’infections et de décès.
Le coronavirus est en constante mutation, en ce moment il y a plus de deux cents nouvelles tribus omikron et dérivés. “Le SRAS-CoV-2 est toujours en développement”, a déclaré Olivier Schwartz, chef de l’unité Virus et immunité à l’Institut Pasteur français.
Marion Koopmans est directrice du Centre de collaboration sur les maladies infectieuses de l’OMS et membre de l’équipe de l’OMS qui tente d’identifier les origines de la pandémie de COVID-19. “La situation est bien meilleure qu’avant”, dit-elle. Mais elle prévient que nous devons nous préparer à la prochaine grande vague à l’approche de l’automne et de l’hiver. “Un marathonien ne s’arrête pas de courir avant la ligne d’arrivée.”
De nouvelles variantes du SARS-CoV-2 émergent encore
Chaque fois que le SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19, se multiplie, il peut y avoir une erreur dans l’ADN qui le fait changer un peu. Ces changements, appelés mutations, se produisent de manière aléatoire et ont généralement peu ou pas d’effet sur le virus. Si une mutation identique se produit et se propage dans des populations qui ne sont pas en contact les unes avec les autres, cela indique que la mutation est bénéfique pour le virus. Ces mutations forment alors une nouvelle branche dans l’arbre évolutif du SRAS-CoV-2. Les virus qui s’occupent de cette nouvelle branche sont appelés “variantes”.
“Plus le SRAS-CoV-2 circule, plus il a de chances de muter”, déclare l’épidémiologiste Maria van Kerkhove. Elle est ultimement responsable de la réponse de l’OMS au COVID-19. Les scientifiques pensent aussi que de nouvelles variantes de type omikron peuvent se développer chez les personnes dont le système immunitaire est affaibli. Ils portent le virus plus longtemps, ce qui signifie qu’il peut subir des dizaines de mutations.
par certains les mutations permettent à une variante de se propager plus rapidement ou les gens deviennent plus gravement malades. D’autres mutations provoquent un changement d’apparence du virus, l’empêchant d’être capté par le système immunitaire après une infection ou une vaccination antérieure. Ces types de mutations font que les traitements approuvés fonctionnent moins bien ou plus. Si cela se produit, ils seront qualifiés d’inquiétants par l’OMS (variante de préoccupationvoc) d’intéressant (variante d’intérêtBeurre).
En mai 2021, l’OMS a lancé donner à ces variantes des noms basés sur des lettres de l’alphabet grec. “Mais l’OMS ne nomme pas toutes les variantes”, a déclaré Anurag Agrawal, président du groupe consultatif technique de l’OMS pour le développement de virus, qui formule des recommandations sur la dénomination des variantes. “Nous ne le faisons que s’il y a une crainte qu’une variante présente des risques supplémentaires, ce qui signifie que des mesures de santé publique doivent être prises”, explique-t-il.
À l’heure actuelle, toutes les souches d’omikron sont considérées comme cov car elles partagent toutes les mêmes propriétés : elles se propagent plus rapidement que les variantes précédentes et elles résistent à l’immunité précédente. Heureusement, une infection par une certaine sous-variante d’omikron réduit le risque d’être infecté par une autre sous-variante. Les souches ne sont pas non plus plus dangereuses que le virus omikron d’origine, explique Van Kerkhove.
Les variantes Omikron font des sauts évolutifs
L’émergence de la variante omikron il y a moins d’un an a marqué un changement majeur dans l’évolution du SRAS-CoV-2. Depuis novembre 2021, plus de la moitié des infections au COVID-19 dans le monde ont probablement été causées par l’une des cinq sous-variantes d’omikron :BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 et BA.5. Étant donné qu’il a été démontré qu’omikron est capable d’échapper à la réponse immunitaire par contamination par des variantes antérieures, certains scientifiques, dont Schwartz, ont découvert que omikron doit être considéré comme un sérotype distinct du SARS-CoV-2: un virus qui diffère tellement des variantes précédentes que les anticorps dirigés contre l’un ne protègent pas suffisamment contre l’autre. C’est comme ça qu’il sait virus de la grippe trois sérotypes : influenza A, B et C.
Ces derniers mois, omikron BA.2 a engendré toute une série de variantes telles que BA.2.75, BA.2.10.4, BJ.1 et BS.1. Ces variantes, qui parfois contiennent des dizaines de mutations, sont si différents de la variante BA.2 dont ils sont issus que les scientifiques les appellent « variantes de deuxième génération ». De telles variantes surviennent à travers un grand saut évolutif par rapport aux variantes précédentes, sans petites étapes intermédiaires.
D’un point de vue évolutif, les variantes qui se sont répandues récemment, comme BA.2.75, semblent ressemblait moins au virus omikron original qu’alpha, beta, gamma et delta ressemblaient à la version originale, explique le virologue Thomas Peacock de l’Imperial College de Londres. Toutes les mutations de ces variantes antérieures ne sont rien comparées à celles d’omikron et de ses sous-variantes, dit-il.
‘Une sous-variante potentiellement inquiétante est BA.2.75.2. Celui-ci a des mutations supplémentaires par rapport à BA.2.75 et semble très résistant aux anticorps», explique Schwartz.
L’OMS n’a pas nommé ces nouvelles variantes d’après une nouvelle lettre grecque, mais “cela ne signifie certainement pas qu’aucune nouvelle variante n’est apparue depuis novembre 2021”, a déclaré l’immunologiste Yunlong (Richard) Cao de l’Université de Pékin à Pékin.
À l’heure actuelle, BA.5 est le plus courant dans de nombreux pays, tandis que BA.2.75 est le plus largement diffusé dans d’autres pays. Elles sont tous deux résistants au système immunitaire de personnes qui ont été vaccinées ou qui ont été infectées, mais les vaccins actuels peut fonctionner contre les variantes.
«Ce que nous voyons maintenant, c’est que l’évolution se poursuit», déclare Koopmans. C’est à prévoir lorsqu’un virus continue de circuler à grande échelle alors que de plus en plus de personnes développent entre-temps un système immunitaire. “Nous supposons donc que d’autres variantes d’évasion émergeront”, ajoute-t-elle.
Il y a un débat sur l’utilité de regrouper toutes les sous-variantes d’omikron en un seul gros tas. Les souches omikron BA.1, BA.2 et BA.5 ressemblaient suffisamment dans leur origine pour être appelées omikron, mais selon certains scientifiques, les nouvelles variantes sont si différentes qu’elles devraient être nommées d’après une nouvelle lettre grecque.
“Certains de ces nouveaux virus sont tout aussi génétiquement différents que les variantes d’origine, donc la question est de savoir à quel point il est utile de les voir encore comme des variantes d’omikron”, a déclaré Peacock.
Mais le groupe de travail de l’OMS pense autrement. “S’il est déterminé qu’il existe une variante ou une sous-variante qui diffère considérablement des autres variantes ou sous-variantes d’omikron, on lui donne un nouveau nom”, explique Van Kerkhove. “Mais pour le moment, toutes ces sous-variantes sont considérées comme des omikron, ce sont toutes des voix et elles obligent toutes les pays à prendre des mesures.”
Comme il n’y a aucune preuve scientifique que les nouvelles sous-variantes d’omikron rendent les gens plus gravement malades, les conseils restent inchangés, dit Agrawal.
En attendant, une détection et un traitement précoces, le déploiement rapide des ressources disponibles et la vaccination sont nécessaires pour empêcher la propagation du virus et donc le risque de développement de nouvelles variantes, explique Van Kerkhove. “Nous pouvons gérer le COVID-19 de manière responsable et prendre des mesures simples pour empêcher la propagation, comme garder vos distances, porter des masques, ventiler, vous laver les mains et rester à la maison lorsque vous êtes malade.”
Cet article a été initialement publié en anglais sur NationalGeographic.com
