Tous les quelques mois pendant les deux premières années de la pandémie, le public a appris le nom d’une nouvelle variante de coronavirus qui avait émergé et était plus apte à nous infecter ou à provoquer une maladie grave. Dix variantes avec des noms grecs – Alpha à Mu – ont tué des millions de personnes. Puis en novembre 2021, Omicron, une version très différente du virus est apparue. Au cours des 10 derniers mois, l’Organisation mondiale de la santé n’a nommé aucune nouvelle variante, ce qui soulève la question suivante : le virus a-t-il cessé d’évoluer ?
Au moins 300 Américains sont morts de COVID-19 tous les jours au cours des trois derniers mois et environ 50 000 nouvelles infections à COVID-19 ont été signalées aux États-Unis chaque jour en septembre, toutes causées par de nouvelles sous-lignées d’Omicron : BA.2, BA.2.12.1, BA.4 ., et BA.5. Les taux d’infection parmi les résidents des maisons de soins infirmiers aux États-Unis ont été multipliés par neuf depuis la fin avril et en août les taux de mortalité ont presque quadruplé dans ce groupe, selon les données compilées par l’AARP Public Policy Institute et le Scripps Gerontology Center de l’Université de Miami dans l’Ohio. Au Royaume-Uni, souvent annonciateur des tendances du COVID-19 aux États-Unis, les infections symptomatiques ont régulièrement augmenté depuis le 27 août—le jour où ils ont atteint leur niveau le plus bas cette année—selon l’étude ZOE COVID-19, un projet basé sur une application dans lequel les patients saisissent leurs symptômes sur leur téléphone. Bien que l’OMS n’ait oint aucun de ces dérivés récents d’Omicron avec leur propre lettre grecque, les experts craignent que ces variantes ne sapent les nouveaux rappels et traitements, entraînant une nouvelle vague d’infections et de décès.
Le coronavirus évolue continuellement et gagne de nouvelles mutations ; à ce jour, il y a eu plus de 200 nouvelles sous-lignées Omicron et leurs dérivés. “L’évolution du SRAS-CoV-2 n’est pas terminée”, déclare Olivier Schwartz, chef de l’unité Virus et immunité à l’Institut Pasteur de Paris.
Marion Koopmans, directrice du Centre collaborateur de l’OMS pour les maladies infectieuses émergentes et membre de la mission de l’OMS pour sonder les origines de la pandémie de COVID-19, a déclaré : “La situation est bien meilleure qu’elle ne l’a été”. Mais elle prévient qu’à l’approche de l’automne et de l’hiver, nous devons rester prêts pour une autre vague importante. “Un marathonien ne ralentit pas avant la ligne d’arrivée.”
Les variantes du SARS-CoV-2 évoluent toujours
Chaque fois que le SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19, se réplique lors d’une infection, il peut faire des erreurs et changer un peu. Ces changements, appelés mutations, sont aléatoires et n’ont généralement pas ou peu de conséquences pour le virus. Si la même mutation apparaît et se propage dans des populations non apparentées, cela suggère qu’elle offre un avantage au virus. Ces mutations créent alors une nouvelle branche de l’arbre évolutif du SARS-CoV-2. Les virus qui composent cette branche sont appelés “variantes”.
“Plus le SRAS-CoV-2 circule, plus il peut changer”, déclare Maria Van Kerkhove, l’épidémiologiste qui dirige la réponse au COVID-19 à l’OMS. Les scientifiques pensent également que Des variantes de type Omicron pourraient évoluer chez les personnes dont le système immunitaire est affaibli où le virus peut persister plus longtemps tout en acquérant des dizaines de nouvelles mutations.
Quelques les mutations peuvent aider une variante à se propager plus facilement ou peut causer une maladie plus grave. D’autres peuvent modifier l’apparence du virus, lui permettant d’esquiver l’immunité contre des infections ou des vaccins antérieurs et le rendant plus difficile à détecter. Ces mutations peuvent également rendre inefficaces les thérapies autorisées. Lorsque cela se produit, l’OMS qualifie la variante d’intéressante ou d’inquiétante.
En mai 2021, l’OMS a commencé à attribuer des variantes d’intérêt et des variantes de lettres de préoccupation de l’alphabet grec. “Mais l’OMS ne nomme pas toutes les variantes”, explique Anurag Agrawal, président du groupe consultatif technique de l’OMS pour l’évolution des virus, qui formule des recommandations sur la dénomination des variantes. “L’OMS ne nomme une variante que lorsqu’elle craint que des risques supplémentaires soient créés qui nécessitent une nouvelle action de santé publique”, explique Agrawal.
Actuellement, toutes les sous-lignées d’Omicron sont considérées comme des variantes préoccupantes car elles partagent des caractéristiques similaires : elles se propagent plus facilement que les variantes précédentes et peuvent esquiver l’immunité précédente. Mais heureusement, l’infection par une sous-variante d’Omicron réduit encore suffisamment le risque d’être réinfecté par une autre. Les sous-variantes ne semblent pas non plus poser de plus grands risques que le parent Omicron, dit Van Kerkhove.
Les variantes d’Omicron montrent des sauts évolutifs
L’émergence d’Omicron il y a moins d’un an a représenté un grand changement dans l’évolution du SARS-CoV-2. Plus de la moitié des infections au COVID-19 dans le monde depuis novembre 2021 ont très probablement été causées par l’une des cinq sous-variantes d’Omicron : BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 et BA.5. Avec la capacité d’Omicron à esquiver l’immunité des variantes précédentes, il a incité les scientifiques, dont Schwartz, à suggérer que Omicron pourrait même être considéré comme un sérotype distinct du SRAS-CoV-2—un virus si différent des variantes précédentes que les anticorps générés contre l’un ne protègent pas suffisamment contre l’autre. Par exemple, le virus de la grippe a trois sérotypes : influenza A, B et C.
Au cours des derniers mois, Omicron BA.2 a engendré une série de variantes, notamment BA.2.75, BA.2.10.4, BJ.1 et BS.1. Ces variantes, certaines portant des dizaines de nouvelles mutations, sont si différents de la variante parentale BA.2 que les scientifiques les appellent des variantes de « deuxième génération ». Une variante de deuxième génération représente un grand saut évolutif par rapport aux lignées de variantes précédentes sans petites étapes intermédiaires.
À l’échelle de l’évolution, les variantes nouvellement diffusées, telles que BA.2.75, sont plus différent de l’Omicron d’origine que Alpha, Beta, Gamma et Delta provenaient des souches ancestrales, explique Thomas Peacock, virologue à l’Imperial College de Londres. Toutes les mutations de ces premières variantes semblent mineures par rapport à Omicron et à ses sous-variantes, explique Peacock.
“Une sous-variante potentiellement inquiétante est BA.2.75.2, qui porte des mutations supplémentaires par rapport à BA.2.75 et semble être particulièrement résistante aux anticorps”, explique Schwartz.
Bien que l’OMS n’ait peut-être pas donné à ces nouvelles variantes un nom en lettres grecques, Yunlong (Richard) Cao, immunologiste à l’Université de Pékin à Pékin, déclare : “Il est définitivement inapproprié de dire qu’il n’y a pas eu de nouvelles variantes depuis novembre 2021”.
BA.5 est actuellement prédominant dans de nombreux pays, et BA.2.75 dans d’autres. Elles sont tous deux capables d’échapper au système immunitaire des personnes qui ont été vaccinées et/ou qui ont contracté une infection, bien que les vaccins actuels peut encore tenir bon.
“Ce que nous voyons maintenant, c’est que l’évolution se poursuit”, déclare Koopmans. C’est ce à quoi on peut s’attendre lorsqu’il y a combinaison d’une circulation importante et d’une plus grande immunité acquise. “Nous nous attendons donc à d’autres variantes d’évasion”, ajoute-t-elle.
Il y a un débat en cours sur l’utilité de regrouper toutes les sous-variantes d’Omicron. Bien que les lignées Omicron BA.1, BA.2 et BA.5 étaient suffisamment proches pour être appelées Omicron, certains scientifiques pensent que les nouvelles variantes sont suffisamment distinctives pour qu’elles puissent recevoir un nouveau nom de lettre grecque.
“Certains de ces nouveaux virus sont aussi génétiquement distincts que les variantes originales, il n’est donc pas clair à quel point il est utile de les considérer comme Omicron”, a déclaré Peacock.
Le groupe de travail de l’OMS n’est pas d’accord. “Si une variante ou une sous-variante est déterminée comme étant significativement différente des autres variantes ou sous-variantes d’Omicron, un nouveau nom lui sera attribué”, déclare Van Kerkhove. “Mais pour le moment, toutes ces sous-variantes sont considérées comme Omicron, toutes sont des variantes préoccupantes et toutes nécessitent des actions renforcées dans les pays.”
Comme il n’y a pas de données humaines fiables pour indiquer que les nouvelles sous-variantes d’Omicron sont plus graves que les autres, dit Agrawal, les conseils de santé publique restent les mêmes.
En attendant, un diagnostic précoce, des soins cliniques précoces, une utilisation appropriée des thérapeutiques disponibles et la vaccination sont nécessaires pour réduire la propagation du virus et réduire le risque d’émergence de nouvelles variantes, explique Van Kerkhove. «Nous pouvons vivre avec le COVID-19 de manière responsable et prendre des mesures simples pour réduire la propagation, telles que la distance, le masquage, la ventilation, le nettoyage des mains, rester à la maison en cas de malaise.»
