pourquoi Omicron a inquiété les experts dès le départ

Zoom / Illustration des anticorps répondant à l’infection par le SRAS-CoV-2.

Getty Images / Katrina Kohn / Photothèque scientifique

Dès la première description d’Omicron, les chercheurs se sont inquiétés d’une variante du SRAS-CoV-2. En examinant la liste des mutations qu’il porte, les scientifiques peuvent en identifier certaines qui rendent probablement la variante plus contagieuse. D’autres mutations étaient plus préoccupantes, car elles interféraient probablement avec la capacité du système immunitaire à reconnaître le virus, le mettant en danger pour ceux qui avaient été vaccinés ou avaient déjà eu une infection.

La raison sous-jacente de ces peurs enfouies était claire : les scientifiques pouvaient simplement regarder la séquence d’acides aminés dans la protéine de pointe du coronavirus et voir dans quelle mesure le système immunitaire y répondrait.

Cette connaissance est basée sur des années d’étude du fonctionnement du système immunitaire, ainsi que sur de nombreuses informations spécifiques sur les interactions avec le SRAS-CoV-2. Voici une description de ces interactions, ainsi que leurs implications pour l’évolution virale et les variantes actuelles et futures.

Ts et BS

Pour comprendre le fonctionnement du système immunitaire, il est plus facile de catégoriser les réactions. Premièrement, il y a la réponse immunitaire innée, qui a tendance à reconnaître les caractéristiques générales des agents pathogènes plutôt que les caractéristiques spécifiques de bactéries ou de virus individuels. La réponse innée n’est pas régulée par la vaccination ou une exposition antérieure au virus, il n’est donc pas vraiment pertinent de discuter des variantes.

Ce qui nous intéresse, c’est la réponse immunitaire adaptative, qui reconnaît certains traits des pathogènes et génère une mémoire qui produit une réponse rapide et puissante lorsque le même pathogène est revu. C’est la réponse immunitaire adaptative que nous obtenons avec les vaccins.

La réponse adaptative peut également être divisée en catégories. En ce qui concerne les réponses immunitaires pertinentes, nous nous intéressons surtout à celles médiées par les cellules B productrices d’anticorps. L’autre élément majeur de l’immunité adaptative, la cellule T, utilise un mécanisme très différent pour identifier les agents pathogènes. Nous ne savons pas grand-chose sur la réponse des lymphocytes T au SRAS-CoV-2, mais nous y reviendrons plus tard. Pour l’instant, nous allons nous concentrer sur les anticorps.

Les anticorps sont de gros agrégats (moléculairement parlant) de quatre protéines. La plupart des protéines sont similaires pour tous les anticorps, ce qui permet aux cellules immunitaires d’y répondre. Mais chacune des quatre protéines a une région variable qui diffère dans chaque cellule B productrice. Beaucoup de zones altérées sont inutiles, d’autres reconnaissent les protéines du corps et sont éliminées. Mais par coïncidence, certains anticorps ont des régions variables qui reconnaissent une partie de la protéine fabriquée par l’agent pathogène.

Zoom / molécule d’anticorps. Les régions variables dans les parties rouges et bleues de la molécule forment ensemble une région de liaison qui peut reconnaître les agents pathogènes.

La partie de la protéine pathogène que l’anticorps reconnaît s’appelle l’épitope. Les épitopes diffèrent d’une protéine à l’autre, mais ils partagent certaines caractéristiques. Il doit être à l’extérieur de la protéine, plutôt qu’enfoui dedans, pour que l’anticorps l’atteigne en premier lieu. Ils contiennent souvent des acides aminés polaires ou ont une charge, car ceux-ci forment des interactions plus fortes avec l’anticorps.

Vous ne pouvez pas simplement regarder les acides aminés dans l’anticorps et décider où il adhère. Mais si vous avez des quantités adéquates d’un anticorps particulier, il est possible de faire ce qu’on appelle la “cartographie des épitopes”, qui consiste à déterminer où l’anticorps se fixe à la protéine. Dans certains cas, cela peut contenir une liste précise d’acides aminés que l’anticorps reconnaît.

En général, la présence d’anticorps liés à l’agent pathogène dans la circulation sanguine facilite la détection et l’élimination de l’agent pathogène par des cellules immunitaires spécialisées – pour cette fonction, peu importe où l’anticorps adhère. Mais il existe aussi des interactions spécifiques qui peuvent inactiver le virus dans certains cas, comme nous le verrons plus loin.

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