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Omicron s’est probablement développé en Afrique de l’Ouest, selon une étude

Omicron s’est probablement développé en Afrique de l’Ouest, selon une étude

Omicron, la souche de coronavirus dominante actuelle, est probablement originaire d’Afrique de l’Ouest même si elle a été identifiée pour la première fois dans le sud du continent, selon une étude menée par l’Université de Stellenbosch en Afrique du Sud et Charite -Universitatsmedizin Berlin.

L’étude, basée sur 13 097 échantillons d’infections à Covid-19 provenant de 22 pays africains, a montré que la lignée omicron BA.1 est apparue pour la première fois dans l’ouest du continent où peu de tests et encore moins de séquençage de gènes ont lieu. BA.1 a été la première souche omicron. Il a depuis encore muté.

“Les analyses phylogéographiques ont soutenu les origines de BA.1 en Afrique de l’Ouest avant la propagation en Afrique australe”, ont déclaré les chercheurs dans l’étude publiée jeudi dans Science.

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Des échantillons du Bénin prélevés entre le 22 août et le 27 octobre de l’année dernière montrent des preuves d’ancêtres omicron, tout comme trois échantillons du Nigeria, ont déclaré les chercheurs. Omicron a été identifié pour la première fois au Botswana et en Afrique du Sud en novembre et un pic exponentiel d’infections a suivi en Afrique du Sud avant qu’un schéma similaire n’émerge dans d’autres parties du monde.

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L’étude va à l’encontre d’une théorie selon laquelle l’omicron est apparu en Afrique australe à la suite d’une infection à coronavirus à long terme chez un individu immunodéprimé, probablement une personne infectée par le VIH, un virus qui attaque le système immunitaire qui sévit dans le sud du continent.

“Le schéma de mutation des ancêtres omicron et des souches omicron déposées dans les bases de données publiques différait considérablement du schéma de mutation Sars-Cov-2 chez les individus immunodéprimés”, ont déclaré les chercheurs. “Nos données suggèrent une évolution prolongée et géographiquement répandue des ancêtres omicron chez les patients à travers l’Afrique.”

Des mutations du coronavirus, qui se produisent lorsque le virus tente de contourner les défenses de l’organisme, ont été identifiées dans les cas de poussées majeures d’infection. Les variantes apha, bêta, gamma et delta ont été identifiées pour la première fois au cours de périodes comme celle du Royaume-Uni, de l’Afrique du Sud, du Brésil et de l’Inde.

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En Afrique de l’Ouest, la flambée des infections est passée largement inaperçue en raison de la faiblesse des systèmes de santé nationaux. Le Centre ouest-africain de biologie cellulaire des agents pathogènes infectieux de l’Université du Ghana estime que la plupart des Africains de l’Ouest ont été infectés par le coronavirus, même si relativement peu de cas et de décès ont été signalés.

La découverte de l’omicron en Afrique australe a conduit à l’imposition rapide d’interdictions de voyager dans les pays de la région, perturbant la croissance économique. L’Afrique du Sud a développé certaines des principales installations de séquençage génétique au monde alors qu’elle faisait face à d’importantes épidémies de VIH et de tuberculose.

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