L’essor des variantes

Depuis le début de la pandémie de COVID-19, de nombreuses versions du virus SARS-CoV-2 sont apparues. Chaque variante avait ses propres caractéristiques uniques, mais la famille de variantes Omicron s’est avérée particulièrement infectieuse, ainsi que résistante à la protection des vaccins ou des infections antérieures.

Les cas de COVID-19 étaient en baisse pendant une grande partie de 2022, mais la variante Omicron est également apparue comme le principal circulateur. Les variantes BA sont arrivées en premier, mais au cours du dernier trimestre de l’année, la variante XBB a pris le relais, causant près de la moitié de tous les cas actifs de COVID-19 aux États-Unis au 31 décembre 2022.¹

Les variantes en chiffres

Selon les données de fin d’année des Centers of Disease Control and Prevention (CDC), les proportions de variantes – toutes de la famille Omicron – circulant à la fin de 2022 comprenaient les éléments suivants¹:

XBB.1.5 : 40,5 %

• BQ1.1 : 26,9 %
• BQ.1 : 18,3 %
• BA.5 : 3,7 %
• BN.1 : 2,4 %
• BF.7 : 2,1 %

Moins de 1% des cas ont été causés par les variantes BA et BF d’Omicron. De plus, aucun nombre significatif de cas signalés n’a été causé par Delta ou d’autres variantes précédentes à la fin de 2022 aux États-Unis, selon le CDC.¹

La croissance observée dans les cas de COVID-19 causés par la variante Omicron XBB était similaire à celle observée à l’étranger plus tôt dans l’année. Par rapport au total de 40,5 % des cas au 31 décembre, le CDC a révélé que la variante XBB ne représentait que 4,2 % des cas la semaine précédente (se terminant le 24 décembre 2022). Les premiers cas de XBB ont été suivis par le CDC vers le début du mois d’octobre, selon les rapports de l’agence.¹

Les nouvelles variantes se répandent-elles plus facilement ?

La famille Omicron est sur la liste de surveillance des experts en maladies infectieuses depuis un certain temps, mais au début de la nouvelle année, XBB semblait recevoir le plus d’attention.

Il n’y a pas encore beaucoup de données sur la façon dont cette souche se comporte cliniquement par rapport aux autres, mais les rapports des pays qui ont vu cette variante augmenter avant qu’elle ne monte en flèche aux États-Unis montrent que XBB a un léger avantage sur les précédents parents d’Omicron dans quelques domaines. .

Un rapport du gouvernement de la Nouvelle-Galles du Sud en Australie a comparé plusieurs des variantes les plus récentes d’Omicron, notamment BA.5, BA.2.75, BA.4.6 et XBB. Les données ont montré que la plupart de ces variantes descendent du même groupe de mutations, telles que S:R346X, mais la plupart présentaient des différences dans les mutations de pointe. Ces changements dans les mutations de pointe ont contribué à un certain nombre de changements, notamment en termes de liaison au site et de transmissibilité.²

La variante XBB – un recombinant de BA.2.10.1 et BA.2.75.2 – avait un taux de croissance hebdomadaire de 56,94 % dans cette étude par rapport au taux de croissance hebdomadaire de 38,6 % de la variante BA.5 et au taux de 24,18 % de la variante BA.2.75. Les variantes n’ont pas été comparées en termes de risque d’hospitalisation ou de décès en raison d’un manque de données, a révélé le rapport; cependant, il a été noté que BA.5 entraînait des risques d’hospitalisation et de décès similaires aux variantes antérieures d’Omicron.²

Les vaccins ou les infections antérieures offrent-ils une protection ?

Des chercheurs australiens ont également comparé les performances des variantes contre les vaccins et les infections antérieures au COVID-19, et ont découvert que la variante XBB était plus résistante à la protection contre les anticorps ou les vaccins que les souches Omicron précédentes, même la variante B.5. Cependant, le rapport a noté une meilleure réponse contre le XBB chez les personnes vaccinées avec un rappel bivalent adapté au BA.5 au lieu d’un simple rappel monovalent d’origine. Les personnes qui ont reçu le rappel BA-5 et qui ont également eu une précédente infection au COVID-19 avaient une protection encore meilleure, a révélé l’étude.²

Enfin, le rapport a détaillé la réponse de différentes variantes aux traitements typiques de la COVID-19, notant que XBB était le moins réactif au traitement par imdevimab/casirivimab (REGEN‑COV ; Regeneron) ou tixagevimab/cilgavimab (Evusheld ; AstraZeneca). Comme pour les autres souches, il y a eu une réponse similaire à des traitements tels que le remdesivir (Veklury ; Gilead Sciences), le molnupiravir (Lagevrio ; Merck) et le nirmatrelvir (Paxlovid ; Pfizer).²

Les nouvelles variantes sont-elles vraiment si différentes ?

D’autres rapports ont également établi des comparaisons entre les variantes Omicron désormais dominantes et les lignes précédentes telles que Delta. Un examen des cas de 50 pays a révélé que la famille de variantes Omicron avait une incidence d’environ 62 cas pour 100 000 personnes, tandis que la famille de variantes Delta était en moyenne d’environ 17 pour 100 000. Cependant, les taux de létalité étaient plus faibles pendant la période dominée par Delta que pendant la période Omicron.³

Des schémas similaires ont été trouvés dans presque tous les pays étudiés, confirmant apparemment les soupçons selon lesquels Omicron est plus facilement transmissible mais moins mortel que les variantes précédentes du SRAS-CoV-2. Le rapport comprenait toutefois la mise en garde que les taux de vaccination ont également augmenté depuis la période des infections dominées par Delta jusqu’à ce qu’Omicron prenne le relais.³

Bien que l’augmentation aux États-Unis de la variante Omicron XBB soit encore relativement nouvelle, elle a été significative, passant d’environ 4 % des cas en une semaine à plus de 40 %,1 éclipsant les estimations de l’étude australienne d’un taux de croissance hebdomadaire d’environ 57 % .²

Il est encore trop tôt pour estimer l’impact exact de la variante Omicron XBB, mais certains experts pensent qu’ils se sont concentrés sur la source de sa puissance. Le mécanisme de transmissibilité plus élevée dans cette variante est encore un mystère, mais l’augmentation de la liaison de l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 dans cette dernière variante explique sa croissance supérieure et sa résistance aux anticorps.⁴ Les modifications apportées à la protéine de pointe – la principale cible des vaccins – et aux anticorps monoclonaux dans la variante XBB la rendent plus évasive immunitaire que les variantes précédentes d’Omicron, selon les données d’une autre étude.⁵

Omicron, XBB et les enfants

La plupart des données sur l’impact des souches Omicron qui ont pris le contrôle des infections américaines au COVID-19 se concentrent sur les patients adultes, mais certains rapports ont estimé l’impact sur la population pédiatrique en particulier.

Un rapport de l’American Academy of Pediatrics évalue le nombre total d’infections au COVID-19 chez les enfants à environ 18 % depuis le début de la pandémie, les cas pédiatriques représentant près de 12 % des cas signalés au cours de la dernière semaine de décembre 2022. Pour perspective, l’académie ajoute que les enfants de moins de 18 ans représentent 22% de la population générale et que les rapports actuels d’infections chez les enfants sont probablement sous-estimés.⁷

Des chercheurs du Royaume-Uni ont révélé dans un commentaire de septembre 2022 dans le Journal de médecine de la Nouvelle-Angleterre que l’efficacité du vaccin environ 4 semaines après l’immunisation avec le rappel modifié par Omicron chez les enfants de 5 à 11 ans était d’environ 63,2 %. Cette protection est passée à 69,6 % chez les enfants qui ont été vaccinés avec le rappel et qui avaient également été précédemment infectés par une version du virus SARS-CoV-2.

Mais l’équipe a constaté que ces protections ne duraient pas. À 16 semaines, les taux d’efficacité sont tombés à environ 16% chez les enfants naïfs d’infection et à 22% chez les enfants qui avaient déjà eu le COVID-19, selon les résultats.⁶

Les auteurs ont également souligné que l’infection par Omicron protégeait à plus de 90% contre la réinfection par un autre virus de type Omicron même 2 mois plus tard. A 4 mois, cependant, cette protection chute à environ 80% chez les enfants vaccinés et 63% chez les enfants non vaccinés.⁶

Les taux d’hospitalisation chez les enfants infectés par une souche Omicron du virus étaient généralement faibles chez les enfants vaccinés et non vaccinés (moins de 0,5%), ont ajouté les auteurs. En outre, les hospitalisations étaient plus fréquentes chez les enfants présentant d’autres comorbidités à haut risque.⁶

Mobeen H. Rathore, MBBS, FAAP, professeur et président associé du Département de pédiatrie du Collège de médecine de l’Université de Floride – Jacksonville, et épidémiologiste hospitalier et chef des maladies infectieuses pédiatriques et de l’immunologie au Wolfson Children’s Hospital, a noté qu’il voit résultats similaires à ceux rapportés dans la littérature.

Peu d’enfants tombant malades avec les variantes actuelles du virus SARS-CoV-2 nécessitent une hospitalisation dans sa communauté, a-t-il dit, et la plupart peuvent être traités en ambulatoire. “Ils semblent être malades plus longtemps, mais ils ne tombent certainement pas aussi malades que nous l’avons vu avec la variante Delta, ou même Omicron au début.”

Rathmore, qui est également président du comité de prévention et de contrôle des infections du Baptist Health System, a déclaré que les symptômes chez les enfants qui développent des infections au COVID-19 ne semblent pas très différents dans l’ensemble de ceux des souches précédentes, bien que ses patients aient eu une toux importante. . En ce qui concerne le traitement, a noté Rathmore, la gestion est similaire à toute autre maladie virale. En fait, a-t-il dit, la grippe a pris le dessus à la fois sur les cas de COVID-19 et de virus respiratoire syncytial (RSV) dans sa communauté. Il a ajouté que, surtout après les vacances, le COVID-19 n’est peut-être pas la seule chose dont les enfants sont infectés à la fois.

“Nous voyons plus de grippe que les 2 autres [RSV and COVID-19] mis ensemble », a déclaré Rathmore. “Je ne suis pas sûr que cette maladie persistante ne soit que COVID[-19]mais [it] peut-être aussi d’autres virus circulant dans la communauté.

Les références

1. Proportions variables. Centres pour le Contrôle et la Prévention des catastrophes. Consulté le 31 décembre 2022.
   https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#variant-proportions
2. Preuve vivante : variantes du SRAS-CoV-2. Agence pour l’innovation clinique. Consulté le 28 décembre 2022.
   https://aci.health.nsw.gov.au/covid-19/critical-intelligence-unit/sars-cov-2-variants
3. Wang C, Liu B, Zhang S, et al. Différences d’incidence et de mortalité du COVID-19 par la variante Omicron du SRAS-CoV-2 par rapport à la variante Delta en relation avec la couverture vaccinale : une revue mondiale. J Med Virol. 2023;95(1):e28118. doi:10.1002/jmv.28118
4. Yue C, Song W, Wang L, et al. La transmissibilité améliorée de XBB.1.5 est due à la fois à la forte liaison ACE2 et à l’évasion des anticorps. bioRxiv. Prépublication mise en ligne le 3 janvier 2023. doi:10.1101/2023.01.03.522427
5. Imai M, Ito M, Kiso M, et al. Efficacité des agents antiviraux contre les sous-variantes d’Omicron BQ.1.1 et XBB. N anglais J méd. 2023;388(1):89-91. doi:10.1056/NEJMc2214302
6. Ladhani SN, Amirthalingam G, Khalil A. Plus d’informations sur les infections à Omicron chez les enfants. N Engl J Méd. 2022;387(10):1911. doi:10.1056/NEJMc2212691
7. Les enfants et le COVID-19 : rapport de données au niveau de l’État. Académie américaine de pédiatrie. Mis à jour le 29 décembre 2022. Consulté le 30 décembre 2022.
   https://www.aap.org/en/pages/2019-novel-coronavirus-covid-19-infections/children-and-covid-19-state-level-data-report/