Les virus qui restent

Certains virus, comme ceux qui causent un rhume, nous rendent malades puis s’en vont, vaincus par le système immunitaire. Mais d’autres virus peuvent rester longtemps dans notre corps. Dans la pandémie actuelle, des anecdotes sur des cas de Covid-19 persistants ou récurrents ont conduit à la question: le virus SRAS-CoV-2 est-il l’un de ces ennemis obstinés?

Les virologues appellent la capacité de certains virus à rester pendant des mois ou des années, même après qu’une personne se sent mieux, «persistance». Un sous-ensemble de virus persistants peut devenir «latent», lorsque les virus disparaissent pratiquement, ne laissant que leur matériel génétique afin qu’ils puissent réapparaître plus tard.

Jusqu’à présent, au moins, il n’y a pas beaucoup de preuves indiquant que cela se produit avec le SRAS-CoV-2, dit Jason Kindrachuk, un virologue à l’Université du Manitoba au Canada, «mais nous voulons toujours y réfléchir. Après tout, même si la persistance du SRAS-CoV-2 était un événement rare, ces cas pourraient s’additionner, étant donné le grand nombre de personnes (plus de 29 millions au 15 septembre) qui ont contracté Covid-19 jusqu’à présent, note Jonathan Karn. , virologue à l’École de médecine de l’Université Case Western Reserve à Cleveland.

Voici ce que nous savons sur les virus persistants et latents et Covid-19. Le message à retenir: bien que les scientifiques soient loin de connaître toutes les nuances de l’infection par le SRAS-CoV-2, il existe jusqu’à présent d’autres explications pour ce qui ressemble à une récidive ou à une infection en cours.

Persistant, mais impermanent

Karn explique que les virus persistants de type non latent trouvent souvent des espaces sûrs pour se détendre – des sites de sanctuaire, comme les virologues appellent ces taches. Les virus peuvent être bas dans de nombreux endroits, mais certaines parties du corps sont favorisées car les cellules immunitaires ne les surveillent pas ou ne les protègent pas aussi étroitement que le reste du corps. Ces «sites immunopriviliés» comprennent les yeux, le cerveau et les testicules, et il y a une bonne raison biologique à leur nature sous-protégée: les cellules immunitaires peuvent endommager les tissus corporels et vaincre une infection ne vaut souvent pas le risque de détruire les nerfs ou une chance d’être parent .

Des virus persistants mais non latents sont toujours présents, généralement sous forme de particules virales intactes, infectant lentement les cellules et se reproduisant. Et le système immunitaire n’est pas complètement exclu. Donc ce qui se passe est une sorte de bataille de bas niveau entre les cellules immunitaires et le pathogène qui peut mijoter pendant un certain temps. «C’est une situation d’impasse», dit Karn.

Un graphique montre l'image d'un homme et d'une femme.  Les yeux, le cerveau, la moelle épinière et les testicules, ainsi que l'utérus lorsque la femme est enceinte, sont mis en évidence.

Certaines parties du corps ne sont pas aussi étroitement surveillées par le système immunitaire. Les virus qui restent dans le corps longtemps après l’infection ont tendance à se cacher dans ces endroits.

Ebola est un exemple solide de virus qui peut se cacher dans les sites des sanctuaires et persister, comme cela est devenu terriblement apparent depuis l’épidémie de 2014-2016 en Afrique de l’Ouest. Cette fait 11310 morts, mais aussi des milliers de survivants pour apprendre.

Le virus est apparu parfois dans les yeux ou liquide rachidien des survivants de cette épidémie. Et environ la moitié des survivants masculins étudiés ont le virus dans leur sperme pendant des mois après le début des symptômes, 10% hébergeant le virus pendant un an ou plus – parfois pendant plus de trois ans. Ces hommes n’ont aucun virus détectable dans leur sang, mais il est toujours dans les testicules et peut être transmis à un partenaire sexuel. (Pour cette raison, l’Organisation mondiale de la santé recommande aux hommes survivants éviter les rapports sexuels ou utiliser un préservatif pendant 12 mois ou jusqu’à ce que leur sperme ait été testé deux fois négatif pour le virus.) On en sait moins sur le potentiel de persistance des survivantes, bien que les femmes qui ont vaincu Ebola semblent avoir taux élevés de fausses couches et menstruations irrégulières.

Avec Ebola, le plus souvent, le système immunitaire l’emporte finalement et l’infection disparaît pour de bon.

Latence à vie

Il n’y a pas d’adieu aussi affectueux après une infection par de nombreux virus latents. Bien que certains puissent éventuellement être éliminés, ces agents pathogènes «vont souvent vous infecter et faire partie de vous pour le reste de votre vie», explique Ryan McNamara, virologue moléculaire à l’école de médecine de l’Université de Caroline du Nord à Chapel Hill.

La particule virale infectieuse entière n’a pas besoin d’être présente; seul le génome du virus est suffisant, existant souvent sous forme circulaire à l’intérieur du noyau. Certains génomes viraux s’insèrent même dans les chromosomes de la cellule hôte.

Le VIH est un exemple classique de virus latent. Il insère son génome dans l’ADN des cellules T et des macrophages d’une personne, deux composants du système immunitaire. Pour le virus, c’est une stratégie prometteuse. Il reste invisible pour le système immunitaire et se propage à chaque fois que les cellules porteuses se divisent. Il reste latent, souvent pendant des années, jusqu’à ce qu’un jour il ressurgisse pour fabriquer à nouveau des particules infectieuses.

Cette réémergence d’un virus – qu’il soit latent ou non latent – s’appelle le terme technique mais vivant de «recrudescence». Les causes de la recrudescence ne sont pas toujours claires, bien qu’un événement stressant soit souvent essentiel, dit Kindrachuk. L’infection par un autre agent pathogène pourrait créer ce stress, tout comme le cancer. Dans le cas du virus de l’herpès simplex, par exemple, un ensemble de facteurs, notamment la fièvre, la lumière du soleil et les menstruations, peuvent provoquer une recrudescence, entraînant un bouton de fièvre.

Au niveau moléculaire, un signal d’excitation commun est une augmentation de la production de molécules appelées cytokines que le système immunitaire utilise pour répondre aux menaces. Si une cellule hébergeant un virus caché est exposée à des cytokines, le virus reçoit également le message et passe à l’action, dit Karn.

Photographie de deux dos avec des marques rouges sur eux.  Celui de gauche est une éruption de varicelle et celui de droite, un cas de zona.

Le virus varicelle-zona cause la varicelle (à gauche) mais le virus reste dans le corps dans les cellules nerveuses et peut émerger plus tard dans la vie sous forme de zona (à droite).

CRÉDIT: ANTHONY DEVLIN (GAUCHE), THANAYU JONGWATTANASILKUL (À DROITE) / ALAMY STOCK PHOTO

Mais jusqu’à ce que cela se produise, un virus sous sa forme latente est à l’abri des attaques immunitaires et des médicaments également. Et c’est pourquoi le VIH est un virus si difficile à traiter, dit Karn, qui a co-rédigé un aperçu de la latence du VIH dans le Revue annuelle de virologie. Pour survivre en étant séropositifs, les gens doivent prendre des médicaments antiviraux – chers et pas toujours faciles à obtenir dans de nombreuses régions du monde – pour le reste de leur vie.

Au moins c’est le cas pour l’instant: Certains scientifiques espèrent appliquer un traitement qui modifier ou supprimer les gènes du VIH et d’autres virus latents. Et Karn et d’autres sont optimistes quant à une stratégie appelée «choquer et tuer». L’idée est de réveiller le virus endormi, peut-être avec une cytokine, pour qu’il commence à se reproduire. C’est le «choc». Toutes les cellules infectées afficheront alors des morceaux et des morceaux du virus. Le «kill» de suivi pourrait provenir de cellules immunitaires qui reconnaissent, attaquent et éliminent ces cellules, une fois pour toutes.

Le cas avec Covid-19

Le SRAS-CoV-2 est tout nouveau pour l’humanité, alors comment pouvons-nous prédire ce qu’il fera? Il y a des indices et des raisons d’optimisme. La latence, dit Kindrachuk, semble être la plus courante parmi les virus qui ont un génome d’ADN à un moment donné de leur cycle de vie; SARS-CoV-2 utilise uniquement de l’ARN. Et bien que ce coronavirus soit nouveau, les scientifiques peuvent recueillir des indices auprès de plusieurs de ses cousins. Dans les coronavirus qui causent certains cas de rhume, les infections sont de courte durée. La même chose a été constatée pour quelque 8 000 cas du virus du SRAS associé qui ont tué 774 personnes lors d’une épidémie de 2003.

Il est vrai que certaines personnes se sont rétablies de Covid-19, testées négatives pour les gènes viraux, puis testé à nouveau positif. Mais ce n’est pas nécessairement une preuve de persévérance, dit Kindrachuk. Une explication plus probable est la capacité des tests à détecter des quantités même faibles d’ARN viral. Des résultats renversants pourraient être particulièrement probables dans les cas où la concentration de gènes viraux d’une personne oscille juste autour du seuil de détection. (Et dans ce qui semble être de rares cas, certaines personnes qui s’étaient rétablies de Covid-19 semblent avoir été réinfectés plus tard avec une version légèrement différente du virus, indiquant qu’il s’agit vraiment d’une nouvelle infection et non d’une infection persistante.)

De plus, souligne McNamara, les tests pour Covid-19 ne détectent qu’une petite partie du génome viral. C’est peut-être tout ce qui reste, juste un morceau de flotsam génétiques – pas un groupe de virus entièrement infectieux. Dans une étude, ces restes a duré aussi longtemps que 15 semaines.

Illustration du virus Ebola.

Les scientifiques ont appris des survivants d’Ebola que le virus peut persister dans des parties du corps telles que les yeux et les testicules des mois ou des années après qu’une personne est tombée malade.

CRÉDIT: JADDINGT / SHUTTERSTOCK

Les scientifiques peuvent également évaluer la probabilité de persistance à partir des modèles observés dans les tests d’anticorps. Lorsqu’ils sont infectés, les gens fabriquent des anticorps contre le virus. Avec une infection de courte durée, les niveaux d’anticorps augmentent mais diminuent rapidement lorsque l’agent infectieux a disparu (le système immunitaire s’accroche à des «cellules mémoire» qui peuvent à nouveau produire ces anticorps si elles sont nécessaires).

Mais si les niveaux d’anticorps restent élevés, «alors c’est une bonne preuve que le virus persiste», dit Karn. Il n’y a aucune preuve scientifique vérifiée à ce jour que cela se produit avec Covid-19: anticorps anti-SARS-CoV-2 détectables semblent durer un à quatre mois avant de disparaître.

Cela ne signifie pas pour autant que tous ceux qui s’emmêlent avec le virus rebondiront sans effets persistants. Et en effet, de nombreux survivants de Covid-19 – ceux que l’on appelle les longs courriers – combattent divers symptômes, tels que la toux et la fatigue, pendant des mois.

Des problèmes similaires se sont produits avec la première épidémie de SRAS, note McNamara. Dans une étude, 22 personnes qui se sont rétablies du SRAS à Toronto souffert de fatigue, de courbatures, dépression et modifications du sommeil un à trois ans plus tard. Les chercheurs ont suggéré que les symptômes pourraient résulter d’une inflammation persistante après la disparition du virus, ainsi que du traumatisme psychologique de l’infection.

De même, dit McNamara, les long-courriers Covid-19 ne sont probablement pas confrontés au virus SRAS-CoV-2 pendant des mois. Le problème semble plutôt être que le système immunitaire tente de réparer les dommages causés par le virus. Et si le système immunitaire est déréglé, comme cela arrive souvent dans les cas graves de Covid-19, ses actions font que la personne se sent plus mal au lieu de s’améliorer. Des symptômes tels que la fièvre sont, en fait, causés par les actions du système immunitaire qui agit pour combattre un envahisseur. Et la faiblesse à la suite d’une infection virale n’est pas rare.

Pour en savoir plus sur les effets à long terme, les National Institutes of Health recruter des centaines de survivants de Covid-19 pour une étude pluriannuelle.

Pendant ce temps, McNamara dit, pour la majorité des personnes infectées par le SRAS-CoV-2: “Il entre, il sort.”

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