Une nouvelle analyse indique que le type de selles est supérieur aux résultats de la biopsie dans l’étude maladie inflammatoire de l’intestin (IBD)-dysbiose associée.
Une équipe, dirigée par Lama Izzat Hasan Abdel-Rahman, MSc, Département de microbiologie et d’immunologie, Université d’Otago, a évalué la reproductibilité de la recherche sur le microbiome IBD.
Études incohérentes
Ces dernières années, plusieurs études ont exploré l’écologie microbienne intestinale des patients atteints de la maladie de Crohn et de la colite ulcéreuse. Cependant, un problème concerne les taxons associés aux MII et les tailles d’effet écologique n’ont pas été cohérentes entre les études.
“Des preuves accablantes suggèrent que le microbiome est nécessaire à la pathogenèse des MII”, ont écrit les auteurs. « Il est largement admis, mais pas universellement accepté, que le nombre de taxons dans le microbiome intestinal des patients atteints de MICI est réduit par rapport aux sujets témoins non MICI. D’autres résultats largement rapportés incluent une plus grande variation au sein de la structure du microbiome (diversité bêta) chez les patients atteints de MII par rapport aux sujets témoins, et des différences de composition taxonomique chez les patients atteints de CU et de MC.
Inclusion et exclusion
Dans la méta-analyse, les chercheurs ont identifié 13 études et analysé comment des variables telles que le type d’échantillon – selles, biopsie ou lavage – affectent les résultats des études sur le microbiome intestinal des MII entre 2012 et 2020. Les enquêteurs ont utilisé des méthodes bioinformatiques uniformes pour toutes les données primaires.
Les études incluses dans l’analyse contenaient au moins 50 participants humains. Les chercheurs ont également exclu les études impliquant des facteurs altérant le microbiote, y compris la transplantation de microbiote fécal. Les études incluaient également toutes un ensemble de patients témoins sains ou non atteints de MII, à l’exception d’une étude incluse dans l’analyse.
Les résultats
Les résultats montrent que la diversité alpha réduite était constante dans les études portant à la fois sur des patients atteints de la maladie de Crohn et de colite ulcéreuse. Cependant, il était plus prononcé pour les patients atteints de la maladie de Crohn.
La maladie globale a contribué de manière significative à la variation de la diversité bêta dans la majorité des études. Alors que la taille de l’effet variait ici, l’effet du type d’échantillon était plus important que l’effet de la maladie.
Le genre le plus systématiquement associé à la maladie de Crohn était Fusobacterium, mais les genres associés à la maladie étaient pour la plupart incohérents entre les études. Les études sur les selles présentaient également une plus faible hétérogénéité que les études sur les biopsies, en particulier pour la maladie de Crohn.
“Bien que nous ayons trouvé peu de différences taxonomiques cohérentes entre les ensembles de données UC et CD, nos résultats montrent que l’IBD a un effet constant sur la diversité alpha et bêta de l’écosystème et suggèrent que le type de selles peut être supérieur à la biopsie pour représenter la dysbiose associée à l’IBD en raison d’une hétérogénéité réduite, », ont écrit les auteurs. “Nous démontrons en outre l’avantage d’appliquer des méthodes bioinformatiques mises à jour aux données historiques.”
Position géographique
Position géographique peut être un facteur plus important dans la composition du microbiote intestinal que le fait que l’individu soit atteint ou non d’une MII, selon les données de la réunion annuelle 2022 de l’Organisation européenne de la maladie de Crohn et de la colite.
Une équipe, dirigée par J. Hu, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, Department of Genetics and Genomic Sciences, a identifié des compositions de microbiome intestinal pour les femmes enceintes et les nourrissons à Hong Kong et aux États-Unis avec ou sans MICI.
Les femmes enceintes sans MICI à Hong Kong avaient une abondance plus élevée de 15 taxons au niveau du genre, y compris Bifidobactérie, Faecalibactérie et Bacteroides par rapport aux femmes enceintes aux États-Unis sans MICI. D’autre part, les femmes enceintes sans MII à Hong Kong avaient une abondance inférieure de 6 taxons, dont Blautia et Turicibacter, par rapport aux femmes enceintes aux États-Unis sans MII.
Pour les nourrissons nés de femmes sans MICI, ceux de Hong Kong avaient une plus grande abondance de 3 taxons dont Colle Stella et Escherichia/Shigelle et une plus faible abondance de Entérocoque en comparaison avec les nourrissons nés de femmes sans MII aux États-Unis. Après avoir comparé la diversité alpha du microbiome intestinal des deux groupes de femmes et de nourrissons, les deux étaient plus faibles à Hong Kong (avec MII : P = 0,077 ; sans MII : P = 0,13) et aux États-Unis (avec IBD : P = 0,0024 ; sans MII : P = 0,019).
L’étude, “À la recherche d’un consensus parmi les études sur les maladies inflammatoires de l’intestin : une méta-analyse systématique», a été publié en ligne dans Maladies intestinales inflammatoires.
