Le suivi américain des variantes de virus s’est amélioré après un démarrage lent

Après un démarrage lent, les États-Unis ont amélioré leur système de surveillance pour suivre les nouvelles variantes de coronavirus telles que l’omicron, augmentant sa capacité de dizaines de milliers d’échantillons par semaine depuis le début de cette année.

Les virus mutent constamment. Pour trouver et suivre les nouvelles versions du coronavirus, les scientifiques analysent la constitution génétique d’une partie des échantillons testés positifs.

Ils examinent les lettres chimiques du code génétique du virus pour trouver de nouveaux mutants inquiétants, tels que omicron, et suivre la propagation de variantes connues, telles que delta.

C’est un effort mondial, mais jusqu’à récemment, les États-Unis contribuaient très peu. Avec des tests non coordonnés et dispersés, les États-Unis séquençaient moins de 1% des échantillons positifs plus tôt cette année. Maintenant, il exécute ces tests sur 5 à 10 % des échantillons. Cela correspond davantage à ce que d’autres pays ont séquencé et partagé avec les traqueurs mondiaux de maladies au cours de la pandémie.

“La surveillance génomique est forte”, a déclaré Kelly Wroblewski, directrice des maladies infectieuses à l’Association des laboratoires de santé publique.

Près de 70 laboratoires de santé publique nationaux et locaux, qui séquencent 15 000 à 20 000 échantillons chaque semaine, contribuent à cet effort. D’autres laboratoires, y compris ceux gérés par les Centers for Disease Control and Prevention et ses sous-traitants, portent le total à 40 000 à 80 000 par semaine.

Il y a neuf mois, environ 12 000 échantillons par semaine étaient analysés de cette manière.

“Nous sommes dans une bien meilleure position qu’il y a un an ou même il y a six ou neuf mois”, a déclaré Kenny Beckman de l’Université du Minnesota, qui a crédité les dollars fédéraux distribués aux laboratoires publics et privés. Il dirige le laboratoire de génomique de l’université, qui séquence maintenant environ 1 000 échantillons par semaine provenant d’États tels que le Minnesota, l’Arkansas et le Dakota du Sud. Il y a un an, le laboratoire n’a fait aucun séquençage.

S’appuyant sur 1,7 milliard de dollars de la facture de secours contre les coronavirus du président Joe Biden, les États-Unis ont mis en place un réseau national pour mieux suivre les mutations des coronavirus.

Pourtant, environ deux douzaines de pays séquencent une plus grande proportion d’échantillons positifs que les États-Unis, a déclaré le Dr William Moss de la Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health. L’émergence d’Omicron pourrait « stimuler les États-Unis à faire mieux. »

“Je pense que nous avons encore un long chemin à parcourir”, a déclaré Moss.

Certains États ne séquencent qu’environ 1% des échantillons tandis que d’autres sont de l’ordre de 20%, a noté le Dr Phil Febbo, médecin-chef d’Illumina, une société basée à San Diego qui développe des technologies de séquençage génomique.

“Nous pourrions être plus systématiques à ce sujet et plus cohérents afin de nous assurer qu’il n’y a pas de déserts de surveillance génomique où nous pourrions manquer l’émergence d’une variante”, a déclaré Febbo.

Pour faciliter l’effort de surveillance, les tests PCR standard qui utilisent des écouvillons nasaux envoyés aux laboratoires peuvent détecter un signe indiquant que quelqu’un a probablement la variante omicron. Si un test PCR est positif pour seulement deux des trois gènes cibles – un résultat de test dit de décrochage S – c’est un marqueur pour omicron avant même l’étape supplémentaire de séquençage génétique pour le prouver.

“C’est fortuit”, a déclaré Trevor Bedford, biologiste et expert en génétique au Fred Hutchinson Cancer Research Center. « Si vous devez effectuer un séquençage pour identifier la variante, vous serez toujours un peu en retard et cela coûtera plus cher. Si vous vous fiez uniquement à ce S-dropout comme identification, c’est plus facile.

Il a déclaré que d’autres variantes avaient également déclenché cette bizarrerie dans les résultats des tests PCR, mais pas la variante delta. Avec le delta si dominant aux États-Unis en ce moment, un résultat d’abandon S sera remarqué, a déclaré Bedford. (Bedford reçoit un financement du Howard Hughes Medical Institute, qui soutient également le département de la santé et des sciences de l’Associated Press.)

Le Dr Anthony Fauci, le plus grand expert du pays en matière de maladies infectieuses, a déclaré qu’il était « inévitable » qu’omicron fasse son entrée aux États-Unis.

De nombreux experts ont déclaré qu’il était probablement déjà là et qu’il serait bientôt détecté par le système de surveillance. Mais la question est, alors quoi?

Le chercheur sur le sida de l’Université du Wisconsin, David O’Connor, a noté : « Nous n’avons pas le genre de restrictions de voyage interétatiques qui permettraient de contenir le virus en un seul endroit. »

Au lieu de cela, la surveillance génomique indiquera aux autorités si omicron se propage anormalement rapidement quelque part et si davantage de ressources doivent être envoyées à ces endroits, a-t-il déclaré.

Lorsqu’omicron fera surface, les autorités de santé publique devront tenir compte d’autres variables dans leurs efforts de triage, telles que le niveau d’infection déjà présent dans cette communauté et le taux de vaccination. De graves épidémies dans des zones fortement vaccinées seraient particulièrement préoccupantes.

Pourtant, Beckman de l’Université du Minnesota voit peu d’avantages à accélérer considérablement le séquençage.

“Vous n’avez pas besoin de séquencer plus de quelques pour cent de cas positifs pour avoir une idée de la rapidité avec laquelle il se développe”, a-t-il déclaré.

Contrairement à certains autres pays, les responsables du gouvernement américain n’ont pas exercé le pouvoir de forcer les gens à se mettre en quarantaine s’ils sont testés positifs pour des variantes inquiétantes. Compte tenu de cela, le séquençage est principalement un outil de surveillance pour suivre la propagation des mutations.

“Je pense qu’il est important de suivre les variantes, mais je ne pense pas qu’il soit pratique de penser que nous allons pouvoir séquencer suffisamment rapidement et largement pour arrêter une variante dans son élan”, a déclaré Beckman.

Les écrivains AP Lauran Neergaard, Matthew Perrone et Ricardo Alonso-Zaldivar ont contribué.

Le département de la santé et des sciences de l’Associated Press reçoit le soutien du département d’éducation scientifique du Howard Hughes Medical Institute. L’AP est seul responsable de tout le contenu.

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