Le stockage d’échantillons de selles peut être bénéfique pour une greffe fécale plus tard dans la vie

Qu’est-ce que l’asthme, les allergies, les maladies du système digestif et le diabète de type 2 ont-ils en commun ? Ils sont beaucoup plus fréquents aujourd’hui qu’ils ne l’étaient par le passé. Pourquoi? Les chercheurs disent qu’un facteur joue un rôle important dans l’augmentation des taux de maladie : notre mode de vie moderne. Les changements apportés à ce que nous mangeons et à la façon dont nous passons notre temps ont entraîné des changements dans les écosystèmes complexes de microbes qui vivent dans nos intestins.

Le microbiome humain est incroyablement compliqué. Sa relation avec la santé et le bien-être est également très controversée et (jusqu’à présent) mal comprise. Cette semaine, une équipe de chercheurs de La Harvard Medical School et le Brigham and Women’s Hospital entrent dans la controverse avec un article qui s’oppose l’idée de “réensauvager” les microbiomes des patients en utilisant les matières fécales des peuples traditionnels ou indigènes qui ne le faites pas vivent le genre de vie industrialisée associée à des taux plus élevés de certaines maladies chroniques.

Au lieu de cela, ils plaident pour l’utilisation des propres matières fécales d’un patient (collectées lorsqu’il est jeune et en bonne santé) pour “rajeunir” son microbiome plus tard dans la vie. C’EST À DIRE s’est assis avec deux des co-auteurs – généticien et génomique Scott T. Weiss et physicien et chercheur en microbiome Yang-Yu Liu – pour parler des greffes fécales et de la façon dont elles pourraient favoriser le bien-être et la longévité.

Cette interview a été modifiée pour plus de longueur et de clarté.

Ingénierie intéressante : Pourquoi nos microbiomes doivent-ils être réparés en premier lieu ?

Scott T. Weiss: Le régime alimentaire est maintenant beaucoup plus poussé vers les aliments transformés et raffinés, par opposition au régime d’il y a encore 100 ans. Il y a plus d’aliments transformés, et cela a une influence à la fois sur la biochimie humaine et sur la composition du microbiome intestinal. Donc, je dirais qu’au niveau macroscopique, c’est vraiment un régime beaucoup plus raffiné et transformé par opposition à un régime plus élémentaire, qui existait dans un passé très ancien, et même il y a seulement 100 ans.

IE : Poussons un peu plus loin sur ce point. Pourquoi les aliments transformés ont-ils un effet particulier sur la biochimie du corps ?

Weiss : Pratiquement tout ce que vous mangez va avoir une sorte d’effet biochimique. Et en général, il y a moins de fruits, moins de légumes, plus de sucre et plus de graisses saturées dans l’alimentation industrielle moderne, et cela pousse le microbiome et la biochimie dans un état plus pro-inflammatoire plutôt qu’un état anti-inflammatoire.

Je pense que votre question est bonne car une partie du défi de la recherche sur le microbiome consiste à définir exactement quelles voies biochimiques sont affectées. Et par exemple, nous savons que manger de la viande a un effet biochimique spécifique pour augmenter le risque de maladie coronarienne et un effet biochimique spécifique pour augmenter les risques de cancer du côlon. La biochimie de ces voies est assez bien définie. Mais dans un sens global, comment ces changements alimentaires macroscopiques influencent-ils le microbiome ? Nous devons encore faire beaucoup plus de travail là-dessus.

IE : Dans l’article, vous critiquez l’idée de « réensauvager » le microbiome. Pourquoi pensez-vous que c’est une mauvaise idée, et quelle est l’alternative ?

Yang-Yu Liu: Nous avons écrit cet article parce que Scott a souligné un New York Times article sur le microbiome rewilding, et nous pensons que c’est une idée folle.

L’idée de base est que vous essayez de restaurer votre microbiote intestinal à l’aide d’échantillons que vous prélevez [people living in a] société préindustrielle, comme la Hadza personnes en Afrique. Nous pensons qu’il y a tellement de préoccupations, pas seulement des préoccupations scientifiques, mais aussi des préoccupations éthiques.

La principale préoccupation scientifique est que notre société moderne, notre mode de vie et nos habitudes alimentaires ne sont pas comparables à ceux de nos ancêtres, n’est-ce pas ? Donc, si vous faites ce genre de rewilding, cela créerait une sorte d’énorme problème de compatibilité entre le donneur et le receveur, n’est-ce pas. Le donneur vient d’un environnement très différent, d’une société différente

Nous voulons simplement proposer une solution alternative : rajeunir notre microbiome à partir d’échantillons collectés lorsque nous étions jeunes et en bonne santé.

Weiss: L’autre aspect est que le réensemencement a peu de chances de fonctionner car il faudrait rester sur le régime alimentaire de ces peuples anciens. La probabilité que vous puissiez maintenir une population moderne sur ce type de régime serait probablement mince, voire nulle.

IE : Vous appelez la solution alternative « rajeunissante ». Qu’est-ce que cela signifie et à quoi cela pourrait-il ressembler pour quelqu’un tout au long de sa vie ?

Liu : L’idée est très simple. Nous voulons collecter les échantillons de selles de l’hôte à un plus jeune âge – lorsqu’il est en parfaite santé – et stocker les échantillons dans une banque de selles pour l’utilisation future de l’hôte. Conceptuellement, c’est très similaire à la banque de sang de cordon.

Weiss : Le moment de cela est critique. Vous voudriez collecter cet échantillon de selles et le mettre en banque quand quelqu’un était jeune et en bonne santé. Encore une fois, nous faisons l’analogie avec les banques de sang de cordon. Vous encaissez ceci [umbilical] échantillon de sang de cordon, puis si le bébé présente un risque de leucémie ou quelque chose plus tard, ils peuvent faire appel à cet échantillon et l’utiliser pour une greffe ou autre.

Votre microbiome change avec l’âge. Et si vous contractez une maladie, le microbiome adoptera les caractéristiques inflammatoires de cette maladie. Il est donc logique que vous souhaitiez que le moment de cette collecte soit lorsque vous êtes en bonne santé, et non lorsque vous souffrez déjà d’une maladie chronique.

IE : De quel âge parlez-vous ici ? Vraisemblablement, les personnes nées aujourd’hui mangent ce régime industrialisé dès qu’elles mangent des aliments solides, sinon même plus tôt.

Weiss : Je pense que pour la plupart des gens, ce sera optimal de faire cette collecte entre 10 ans et 30 ou 40 ans. On ne sait pas exactement, et il faut l’admettre. La fenêtre à laquelle nous avons pensé concerne les adolescents et les jeunes adultes.

Liu : De nombreuses études montrent que pour les enfants d’environ trois ans, leur microbiome intestinal est assez mature. C’est aussi mature que celui de leurs mères. Nous ne disons pas que les enfants de trois ans doivent conserver leur échantillon, je veux juste vous donner un point de référence. Vous ne pouvez pas échantillonner les nourrissons car leur microbiome intestinal est encore en cours de développement.

IE : Je suis toujours bloqué sur cette idée de régime alimentaire à cause de ce que vous avez dit précédemment à propos du fait que le réensemencement ne fonctionnerait probablement pas parce que les receveurs ne mangeraient pas les mêmes régimes que les donneurs. Ainsi, tout avantage disparaîtrait très rapidement. La même chose ne se produirait-elle pas si vous rajeunissiez le microbiome de quelqu’un avec ses propres excréments ? Pourquoi ne vous attendez-vous pas à ce que les microbes redeviennent très rapidement comme avant ?

Liu: C’est un très bon point. Dans l’article, nous soulignons que le fait d’avoir ce type de FMT autologue [that’s the technical term for rejuvenating the microbiome with a person’s own fecal sample] n’est pas assez. Vous devez garder une alimentation et un mode de vie sains.

IE : Alors, c’est une chance de réinitialiser ?

Liu : Oui, d’une manière synergétique. Vous ne pouvez pas compter sur cette chose unique. Vous devez manger des aliments sains, faire de l’exercice et avoir un mode de vie sain.

Weiss : Il est prouvé que le microbiome d’une personne massivement obèse, par exemple, est clairement différent [from someone who is not obese]. Le point que Yang fait valoir, et je pense qu’il est essentiel, est que la FMT autologue en elle-même ne suffira pas. Vous allez devoir combiner la FMT autologue avec toute une panoplie d’adoptions de style de vie qui vont maintenir la santé : exercice régulier, réduction du stress, alimentation saine, non-fumeur et limitation des médicaments que vous prenez. Toutes ces choses peuvent influencer négativement votre microbiome.

Je pense que ce serait une erreur de dire que la FMT autologue va tout guérir. C’est ridicule. Ce n’est pas réaliste. Nous pensons que si vous suivez un régime alimentaire sain – et évitez le tabagisme, l’obésité et ces autres choses – la FMT autologue pourrait être un petit coup de pouce en termes de santé. Il suffirait peut-être de prendre des gens qui étaient sur le point de contracter une maladie et de les empêcher de l’attraper.

IE : Enfin, en termes de sécurité, vous faites remarquer que les selles d’un jeune peuvent contenir des microbes inoffensifs lorsqu’il est jeune et en bonne santé, mais qu’il peut poser problème lorsqu’il est plus âgé et reçoit le don. Pouvez-vous parler de ce défi?

Liu : Un de nos collègues a soulevé cette question lorsque nous leur avons envoyé le document pour obtenir leurs commentaires : comment pouvez-vous vous assurer de la sécurité ? Pour répondre à cette préoccupation très légitime, nous suggérons de réaliser des études précliniques en utilisant un modèle de souris pour effectuer ce type de test de sécurité, afin de nous assurer que les matières fécales sont suffisamment sûres et ne généreront pas de phénotype indésirable comme l’obésité. Je pense que c’est le mieux que nous puissions faire en ce moment. Sinon, comment pouvez-vous vous assurer que vous ne transplantez pas seulement le microbiome, mais aussi certains phénotypes indésirables, comme l’obésité ?

Weiss : Il est important de préciser que, même si nous pensons que c’est une idée très intéressante, nous n’avons pas aujourd’hui de preuve concluante que cela fonctionne. Nous ne disons pas dans l’article que nous savons que cela fonctionnerait, mais nous pensons que c’est très digne d’être étudié. Il est certainement possible que cela puisse être un complément au vieillissement en bonne santé s’il est utilisé en combinaison avec un tas d’autres activités.

Je ne pense pas que la FMT autologue, à elle seule, vous fera vivre 40% plus longtemps. La question est la suivante : si vous combinez la FMT autologue avec la restriction calorique, la normalisation de votre poids, l’exercice et la réduction du stress, cela peut-il amener quelqu’un au point où, au lieu de vivre jusqu’à 80 ans, il va vivre jusqu’à 95 ans ? À un 95 en bonne santé ? Nous voulons étudier cela. Nous ne voulons pas simplement dire “vas-y”, mais nous pensons qu’il y a du potentiel ici.