Rakesh Kochar
ancien président, Institut indien de gastroentérologie
Deux rapports alarmants ont été publiés cette année dans des revues médicales, soulignant l’émergence de résistances aux antimicrobiens (médicaments utilisés pour traiter les infections dues à des bactéries, virus et champignons, etc.). Une étude récente publiée dans The Lancet Microbe traite de la propagation intercontinentale de Salmonella typhi résistante aux antimicrobiens, la bactérie responsable de la fièvre typhoïde. Plus tôt en janvier, The Lancet avait réalisé une autre étude, « Global fardeau of bacterial antimicrobial resistance in 2019 : A systemic analysis ». Les bactéries deviennent résistantes aux agents antimicrobiens lorsque des modifications de celles-ci rendent les médicaments inefficaces pour les tuer. Ces deux rapports mettent en évidence une catastrophe imminente qui semble avoir été ignorée en raison de la pandémie de Covid-19 qui fait rage.
L’étude sur la typhoïde est la plus importante du genre portant sur le séquençage génomique des bactéries typhoïdes isolées de 2016 à 2019 au Bangladesh, au Népal, au Pakistan et en Inde. Les chercheurs ont exploré 3 489 isolats nouvellement séquencés de ces pays ainsi que plus de 4 000 souches de 1905 à 2018 provenant de plus de 70 pays pour étudier l’émergence de la résistance aux antimicrobiens (RAM) et sa propagation dans différentes zones géographiques. Il a été constaté que des mutations génétiques dans l’organisme entraînaient une résistance aux antibiotiques couramment utilisés comme la ciprofloxacine et l’érythromycine. Au cours des 30 dernières années, la résistance s’est propagée près de 200 fois, tant au sein d’un continent qu’à d’autres continents. L’Asie du Sud est restée le plus grand centre (90%) de mutations et la source de propagation, qui s’est produite dans les pays d’Asie du Sud et de l’Asie du Sud à l’Asie du Sud-Est et à l’Afrique australe. Il s’est propagé à l’Europe et aux Amériques aussi.
Les résultats ont des implications de grande portée. Premièrement, cela rend difficile le traitement d’un problème commun, les patients ayant besoin de tests pour voir l’efficacité de différents antibiotiques. Les taux d’échec des traitements augmentent, tout comme le coût. Il en résulte une augmentation de la durée d’hospitalisation et du taux de mortalité. Deuxièmement, la propagation de souches résistantes dans différents pays, voire continents, appelle un changement dans les stratégies de contrôle épidémiologique qui doivent devenir globales, plutôt que spécifiques à un pays ou une région. Troisièmement, l’émergence de souches extrêmement résistantes appelle à étendre les mesures préventives, y compris les vaccins contre la typhoïde dans les pays où la typhoïde est endémique.
La deuxième étude publiée plus tôt cette année a examiné le fardeau mondial de la RAM avec des estimations de plus de 200 pays et plus de 20 agents pathogènes bactériens. Il en a été déduit qu’en 2019, près de 4,95 millions de décès dans le monde étaient attribués à la RAM, les pays à faibles ressources étant les plus touchés. Près des trois quarts de ces décès étaient liés à seulement six bactéries, Escherichia coli étant la plus répandue. Le plus grand contributeur à ces infections était les infections des voies respiratoires inférieures, appelées pneumonie dans le langage courant. L’Afrique subsaharienne a été la plus touchée, suivie de l’Asie du Sud, l’Australie étant la moins touchée. Les données montrent qu’il est impératif d’avoir un fardeau de RAM spécifique au lieu/au pays afin que les décisions politiques soient prises sur mesure en conséquence. Un fait qui est inquiétant pour l’Inde est qu’elle figurait avec une prévalence très élevée de résistance aux six bactéries clés par rapport à d’autres pays.
Certains organismes peuvent devenir résistants à plusieurs antimicrobiens et peuvent évoluer en « super insectes », et certains organismes peuvent transférer des gènes résistants à d’autres organismes, ce qui peut affecter d’autres traitements antibiotiques. Qu’est-ce qui cause la RAM ? La surprescription ou l’abus d’antibiotiques en est la principale cause. Avec une utilisation non judicieuse des antibiotiques, les organismes sensibles s’y adaptent avec des modifications génétiques, entraînant une perte d’efficacité. Selon une étude réalisée en 2016 par les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis, au moins 30 % des prescriptions d’antibiotiques dans ce pays étaient inutiles, les antibiotiques les plus souvent prescrits étant ceux pour la grippe virale, les maux de gorge ou les infections des sinus. En Inde, ce pourcentage est susceptible d’être beaucoup plus élevé. Des charlatans et des pharmaciens non autorisés délivrent au hasard des antibiotiques aux patients qui les demandent sans aucune ordonnance. Pour chaque toux ou diarrhée ou douleur abdominale, un antibiotique est prescrit. Même dans les hôpitaux, les antimicrobiens sont prescrits dans une réaction instinctive, pratiquement pour chaque admission à l’intérieur.
Les médicaments de qualité inférieure ou de mauvaise qualité sont également responsables, en particulier dans les pays à ressources limitées. Les bactéries pathogènes exposées à des doses sous-thérapeutiques d’antimicrobiens entraînent des mutations dans la première. Plus inquiétant est le fait que des antimicrobiens injustifiés ou sous-optimaux peuvent provoquer une résistance de classe, c’est-à-dire une résistance à toute la catégorie de médicaments plutôt qu’à un agent en particulier. Il y a quelques années, une étude avait révélé qu’un antibiotique sur huit et un antipaludéen sur cinq utilisés dans les pays pauvres étaient de qualité inférieure. D’autres causes de résistance aux antimicrobiens comprennent des tests de laboratoire inadéquats pour identifier l’agent antimicrobien approprié, une mauvaise observance du patient dans l’achèvement du traitement prévu ou même le changement d’antibiotiques. À cela s’ajoutent les conditions insalubres dans les hôpitaux publics, le manque de surveillance, l’accès limité aux antibiotiques de deuxième ou troisième ligne et l’utilisation aveugle des antibiotiques chez les volailles et les animaux.
La contamination de l’environnement humain est également reconnue comme un facteur important de la RAM. Les antibiotiques atteignent l’environnement via l’urine et les matières fécales des humains et des animaux domestiques, par l’élimination inappropriée des médicaments et des déchets hospitaliers, et par la contamination directe de l’environnement dans certaines industries. Dans l’environnement, il y a un mélange de microbiote humain et animal, donnant amplement l’occasion aux microbes d’acquérir et de transférer la résistance antimicrobienne les uns aux autres. Un exemple extrême est l’utilisation d’un antibiotique Colistin qui a été utilisé pendant des décennies comme additif dans l’alimentation du bétail pour favoriser la croissance et traiter les infections intestinales. Ces animaux deviennent une source de microbes résistants à la colistine qui font des ravages dans les infections humaines graves puisque la colistine est un médicament de dernier recours pour le traitement des infections par des bactéries Gram-négatives multirésistantes. L’environnement a donc un rôle à la fois dans l’évolution et la transmission de la résistance, un fait qui n’a pas été suffisamment pris en compte.
Il est temps que l’Inde prenne conscience du spectre de la résistance aux antimicrobiens. Nous avons besoin de systèmes réglementaires solides pour garantir que les antibiotiques sont prescrits et délivrés de manière rationnelle, que le contrôle de la qualité de leur production est appliqué et que des programmes de surveillance sont lancés pour détecter et surveiller la résistance aux antimicrobiens. Nous avons besoin de laboratoires et d’installations d’essai mieux équipés en dehors de la collecte de données spécifiques à l’État et à la région. Des programmes d’éducation à la santé publique sont nécessaires, en commençant par le terrain. Il est temps d’aborder le rôle de l’environnement et le lien entre l’utilisation des antimicrobiens chez les humains et les animaux. L’initiative de l’ICMR sur le réseau de surveillance et de recherche sur la résistance aux antimicrobiens laisse beaucoup à désirer. Nous pourrions également mettre en place le système des Unités de Maladies Infectieuses dans nos hôpitaux comme en Europe et aux USA où l’utilisation d’antibiotiques supérieurs se fait de manière contrôlée et supervisée.
