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Infection virale et transmission dans une épidémie importante et bien tracée causée par la variante Delta du SRAS-CoV-2

by Nouvelles

Jing Lu, Baisheng Li, Aiping Deng, Kuibiao Li, Yao Hu, Zhencui Li, Qianlin Xiong, Zhe Liu, Qianfang Guo, Lirong Zou, Huan Zhang, Meng Zhang, Fangzhu Ouyang, Juan Su, Wenzhe Su, Jing Xu, Huifang Lin, Jing Soleil, Jinju Peng, Huimin Jiang, Ping-Ping Zhou, Huanying Zheng, Jianpeng Xiao, Tao Liu, Rongfei Che, Hanri Zeng, Zhonghua Zheng, Yushi Huang, Jianxiang Yu, Lina Yi, Jie Wu, Jingdiao Chen, Haojie Zhong, Xiaoling Deng, Min Kang, Olivier Pybus, Matthieu Hall, Katrina Lythgoe, Yan Li, Jun Yuan, Jianfeng He

Nous rapportons la première transmission locale de la variante SARS-CoV-2 Delta en Chine continentale. Les 167 infections ont pu être retracées jusqu’au premier cas index. Les tests PCR séquentiels quotidiens des sujets mis en quarantaine ont indiqué que les charges virales des infections Delta, lorsqu’elles deviennent PCR+ pour la première fois, étaient en moyenne environ 1000 fois plus élevées que les infections de la lignée A/B lors de la vague épidémique initiale en Chine au début de 2020, suggérant potentiellement plus rapide réplication virale et une plus grande infectiosité de Delta au début de l’infection. Nous avons effectué un séquençage de haute qualité sur des échantillons de 126 individus. Des données épidémiologiques fiables signifiaient que, pour 111 événements de transmission, les cas donneurs et receveurs étaient connus. La taille estimée du goulot d’étranglement de la transmission était de 1 à 3 virions, la plupart des variantes mineures d’un seul nucléotide intra-hôte (iSNV) ne se transmettant pas aux receveurs. Cependant, une hétérogénéité de transmission du SRAS-CoV-2 a également été observée. La transmission d’iSNV mineurs a entraîné au moins 4 des 30 substitutions identifiées dans l’épidémie, mettant en évidence la contribution des variantes intra-hôte à la diversité virale au niveau de la population lors d’une propagation rapide. Les activités de contrôle des maladies, telles que la fréquence des tests de population, la quarantaine pendant l’infection pré-symptomatique et le niveau de surveillance génomique du virus doivent être ajustées afin de tenir compte de la prévalence croissante du variant Delta dans le monde.

Mots clés

SARS-CoV-2, COVID-19, variante Delta, transmission virale, infection virale

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