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Infection à HTLV dans la deuxième plus grande réserve indigène du Brésil

Infection à HTLV dans la deuxième plus grande réserve indigène du Brésil

Population étudiée

La population étudiée a été menée auprès d’individus autochtones de la ville de Dourados, MS, au centre du Brésil, des villages de Bororó et de Jaguapiru (Fig. 1).

Figure 1

Carte de la région du centre du Brésil montrant l’emplacement géographique des villages Bororó et Jaguapiru dans la ville de Dourados, État du Mato Grosso do Sul (MS). La carte a été construite à l’aide du logiciel QGIS 3.26.2–1.

De septembre 2017 à mars 2020, 2190 autochtones ont été invités et 1875 ont accepté de participer à l’étude. Les participants ont subi un entretien avec un questionnaire standardisé contenant des informations sociodémographiques et sur le comportement sexuel. Des échantillons de sang ont été prélevés sur tous les sujets pour effectuer des tests sérologiques. Les critères d’inclusion étaient d’être un membre de la communauté autochtone des villages Bororó ou Jaguapiru et âgé de plus de 18 ans, à moins d’être incapable de donner un consentement écrit éclairé. Tous les sujets ont donné leur consentement éclairé écrit pour participer à l’étude. Cette étude a été approuvée par la Comissão Nacional de ética em Pesquisa (CONEP) sous le numéro de protocole 2.000.496. Toutes les recherches ont été effectuées conformément aux directives et réglementations pertinentes.

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Tests sérologiques

Tous les échantillons de sérum ont été criblés par un kit commercial ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay) pour la présence d’anticorps anti-HTLV-1/2 (GOLD ELISA HTLV-I/II-REM), en suivant les instructions du fabricant. Les échantillons positifs ont été testés à plusieurs reprises et confirmés par le test HTLV-1/2 Western Blot (WB) (MP Diagnostics HTLV BLOT 2.4–Singapore). L’infection par HTLV a été définie comme un ELISA positif répété et un WB positif.

Analyse moléculaire

La caractérisation moléculaire HTLV des échantillons ELISA et WB positifs a été réalisée par amplification en chaîne par polymérase nichée (PCR nichée). À cette fin, l’ADN a été extrait du sang total des participants anti-HTLV positifs à l’aide du kit QIAamp DNA Blood mini (QIAgen), conformément aux instructions du fabricant. Ensuite, l’amplification d’un fragment de 646 pb de la région 5’LTR de HTLV-1 a été réalisée par PCR nichée comme précédemment rapporté21. De plus, les amplicons ont été purifiés à l’aide d’un kit QIA Quick Purification (Qiagen Inc., Maryland, USA), conformément aux instructions du fabricant. Les fragments ont été séquencés à l’aide du kit de réaction BigDye Terminator Cycle Sequencing Ready et de l’ABI 3500XL (Applied Biosystems, Foster City, CA, États-Unis) par la méthode de Sanger.

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Les isolats HTLV-1 ont été soumis à une analyse au BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) après séquençage nucléotidique pour identifier le sous-type et le sous-groupe. Les séquences nucléotidiques ont été alignées et comparées avec 50 séquences publiées de HTLV-1 disponibles auprès de GenBank avec des séquences de référence utilisées comme groupe externe, et les séquences ont été recherchées avec le filtre HTLV-1 et Transcontinental et le Brésil à l’aide de MAFFT v.7 (Multiple Alignment Program for Amino acid or nucleotide séquences). L’analyse phylogénétique a été réalisée à l’aide du maximum de vraisemblance avec 1000 répliques bootstrap avec le programme RAxML et la méthode bayésienne basée sur des modèles appropriés déterminés par JModelTest (modèle TIM2 + G) avec le programme MR-base sur CYPRES Science Gateway. L’arbre phylogénétique a été construit en utilisant le programme FigTree v.1.4.4. Le réseau d’haplotypes a été développé avec NETWORK v.10.2 en utilisant l’algorithme Median Joining.

The GenBank nucleotide sequences accession number included in the phylogenetic analysis: Z32527, L02534, L76310, Y17014, KM023757, KM023765, D13784, AF033817, DQ235699, DQ235698, Y16481, AF054627, J02029, KY510690, KY510691, KY490575, KY490581, GQ443755-57, L36905, JF271836-38, JF271840-42, AY499185, AY920503, DQ471187-97, DQ70891-92, EU392159-60, FJ853490-91, OK247616-17, KM023763-62.

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analyses statistiques

Les variables d’intérêt ont été analysées à l’aide du logiciel STATA 13.0 (Stata Corporation, College Station, TX, USA). La prévalence des marqueurs sérologiques de l’infection à HTLV a été estimée avec des intervalles de confiance à 95 %. Les variables catégorielles ont été présentées par fréquence absolue et en pourcentage. Les variables continues ont été exprimées en moyenne, écart-type, médiane et étendue. Le test du chi carré a été utilisé pour évaluer les différences entre les proportions.

Déclaration d’éthique

L’étude impliquant des participants humains a été examinée et approuvée par la Comissão Nacional de Ética em Pesquisa (CONEP), un comité d’éthique sur la recherche humaine, numéro de protocole 2.000.496. Les participants ont fourni leur consentement éclairé écrit pour participer à cette étude.

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