Efficacité du vaccin, comment il se multiplie et plus encore

Un travailleur de la santé prépare une injection du vaccin de rappel Moderna.

Un travailleur de la santé prépare une injection du vaccin de rappel Moderna.
Image: Piscine Léon Neal/WPA (Getty Images)

La pandémie de covid-19 refait surface aux États-Unis et ailleurs, et bien que nous ayons maintenant beaucoup plus d’outils disponibles contre la maladie virale que nous n’en avions l’hiver dernier, à savoir une armada complète de vaccins préventifs et traitements à venir– l’émergence de la variante Omicron autour de Thanksgiving a jeté une clé dans les travaux. Même si Omicron n’était pas entré en jeu, les États-Unis seraient toujours confrontés à une augmentation des cas de covid-19, des décès et des hospitalisations.

Vous trouverez ci-dessous un résumé de certaines des dernières recherches sur Omicron et ses risques. Il est important de noter que bon nombre de ces études sont encore préliminaires et n’ont peut-être pas encore fait l’objet d’un examen par les pairs, de sorte que leurs conclusions doivent être considérées avec plus de prudence. Il faut du temps et une base de preuves pour être sûr de quelque chose.

Une menace à propagation rapide et croissante

Omicron a énervé les scientifiques en raison de son mélange unique de mutations qui semblent le faire ressembler et se comporter différemment du coronavirus d’origine, ainsi que des variantes antérieures. Il est théorisé que ces mutations pourraient permettre au virus de se transmettre plus facilement entre les personnes et de mieux échapper au système immunitaire des personnes qui ont été vaccinées ou infectées dans le passé. Et nous commençons maintenant à voir des données étayer ces théories.

Cette semaine, une étude préliminaire en laboratoire menée par des chercheurs de Hong Kong trouvé qu’Omicron peut infecter et se multiplier à l’intérieur des cellules de nos bronches (les deux tubes qui transportent l’air de la trachée aux poumons) beaucoup plus rapidement que la variante Delta, jusqu’à 70 fois plus vite. Cette vitesse vorace pourrait expliquer pourquoi les cas d’Omicron dans le monde réel ont semblé se propager beaucoup plus rapidement que l’épidémie de covid standard, même parmi les populations majoritairement vaccinées.

Mais il peut y avoir une lueur d’espoir ici : la même étude a révélé qu’Omicron ne se répliquait pas aussi rapidement que Delta dans les cellules pulmonaires. Cela pourrait peut-être expliquer pourquoi certaines données suggèrent qu’Omicron provoque une maladie plus bénigne que les variantes précédentes. Mais la maladie liée au covid est un processus compliqué, qui ne concerne pas seulement le comportement du virus, mais aussi la façon dont notre réponse immunitaire réagit. Parce que tant de personnes ont été vaccinées ou ont déjà été infectées, il est encore trop tôt pour dire si Omicron est intrinsèquement plus doux ou simplement arrêté par ces systèmes immunitaires entraînés avant qu’il ne puisse causer trop de problèmes.

Un assaut émoussé

En parlant d’immunité, il y a toujours bonne et mauvaise nouvelle sur ce front.

Un article de préimpression sur BioRXiv cette semaine, par exemple, par rapport comment la variante Omicron a répondu aux anticorps collectés auprès de personnes précédemment infectées et à celles ayant reçu divers vaccins – non seulement les deux vaccins à ARNm de Moderna et Pfizer/BioNTech, mais le vaccin AstraZeneca, le vaccin Johnson & Johnson, ainsi que les vaccins de Russie et de Chine . Dans l’ensemble, par rapport au virus d’origine et à la variante Alpha, les niveaux d’anticorps neutralisants (le genre qui aident à prévenir l’infection) diminué considérablement à Omicron en particulier. Pour le vaccin Johnson & Johnson et le Sputnik V de la Russie, les niveaux ont chuté au point où l’on s’attendrait à peu de protection contre l’infection.

Les résultats correspondent à d’autres preuves indiquant que les vaccins ne sont pas très efficaces pour prévenir l’infection par Omicron. Des données récentes d’Afrique du Sud, où la variante a été découverte pour la première fois, ont estimé que l’efficacité du vaccin Pfizer pour arrêter l’infection est passée de 80 % à 33 % une fois Omicron est devenu dominant.

Dans le même temps, les anticorps ne sont pas l’image complète de l’immunité. Des études publiées cette semaine ont suggéré que les cellules T – une autre ligne de défense clé contre les germes familiers – spécifiques au coronavirus rester robuste même face à Omicron, comme de nombreux scientifiques l’avaient prévu. On pense que ces cellules sont très important pour empêcher l’infection de provoquer une maladie grave. Et tandis que les scientifiques travaillent rapidement sur le développement d’un vaccin spécifique à Omicron, les injections de rappel basées sur le virus d’origine semblent fournir un tampon même là-bas. Une étude de Moderna cette semaine a révélé que les niveaux d’anticorps neutralisants grimpé reculer considérablement après un troisième coup.

Les boosters valaient déjà la peine avant même qu’Omicron ne soit dans le mix, mais ils semblent de plus en plus prudents de minute en minute.

Les origines d’Omicron

L’un des nombreux mystères qui entourent Omicron est de savoir d’où il vient. Il a été découvert pour la première fois en Afrique du Sud en novembre, mais ce n’est pas nécessairement de là qu’il est originaire – l’impressionnante surveillance génétique du pays l’a peut-être repéré avant tout le monde.

Au-delà de la géographie, il y a aussi la question de sa filiation. Toutes les variantes préoccupantes à ce jour n’ont subi que de légères modifications de leur structure de base, mais Omicron a vers le haut de 30 mutations dans sa seule protéine de pointe. Parce que les scientifiques suivent maintenant constamment l’évolution du coronavirus en examinant périodiquement la génétique des échantillons de virus prélevés sur les patients, il serait très étrange qu’une variante détecte autant de mutations juste sous notre nez sans préavis – et pourtant, c’est exactement ce qui semble s’être passé ici.

Actuellement, il existe deux théories majeures sur la création d’Omicron. La première est que la variante a émergé chez une personne immunodéprimée, où l’infection a pu persister et s’adapter à un système immunitaire affaibli beaucoup plus longtemps que d’habitude, permettant à certaines populations du coronavirus de survivre avec ces mutations puis d’être transmise à quelqu’un d’autre. L’autre est qu’Omicron a muté alors qu’il était dans un hôte animal, puis est revenu à l’homme. Une préimpression papier par des scientifiques en Chine cette semaine postule que l’ancêtre d’Omicron est passé de l’homme à la souris, puis à un moment donné, est revenu directement à l’homme, maintenant avec une nouvelle configuration génétique épatante.

Sur la base de leurs expériences en laboratoire, les chercheurs soutiennent que les mutations trouvées dans Omicron ne ressemblent pas beaucoup aux mutations que nous avons vues auparavant sur des virus hébergés par l’homme, mais elles ressemblent à des mutations observées dans des souches collectées à partir de cellules hébergées par des souris. Les mutations d’Omicron ressemblent également un peu aux mutations qui pourraient permettre au virus de mieux infecter les cellules de souris, disent-ils.

« Collectivement, nos résultats suggèrent que l’ancêtre d’Omicron est passé de l’homme à la souris, a rapidement accumulé des mutations propices à l’infection de cet hôte, puis est revenu à l’homme, indiquant une trajectoire évolutive inter-espèces pour l’épidémie d’Omicron », ont-ils écrit.

Ce ne sont pas les seuls les scientifiques de théoriser une origine animale pour Omicron. Et c’est certainement plausible – les scientifiques ont été inquiet à propos de ce type d’évolution depuis un certain temps maintenant, une fois qu’il est devenu évident que le coronavirus pouvait facilement passer de l’homme à d’autres animaux. C’est encore que des travaux préliminaires, et il y aura certainement d’autres recherches à ce sujet. Pour le contexte, il y a encore des débats acharnés sur les origines de la pandémie elle-même deux ans plus tard, donc les réponses sur la source d’Omicron peuvent ne pas venir facilement non plus.

L’arrivée d’Omicron devrait nous rappeler que, dans la mesure où nous le pouvons et nous nous sommes adaptés au virus au fil du temps, le germe peut apprendre de nouveaux trucs par lui-même.

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