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Des variants du SRAS-CoV-2 se développent chez des patients chroniques immunodéprimés

Des variants du SRAS-CoV-2 se développent chez des patients chroniques immunodéprimés

Les variantes du SRAS-CoV-2 ont été un acteur clé dans la conversation et la réponse de santé publique à la pandémie de COVID-19. Mais d’où viennent les variantes du COVID-19 ? Aujourd’hui, de nouvelles recherches révèlent que les nombreuses variantes du SRAS-CoV-2 se forment probablement chez les patients atteints de COVID-19 chronique qui souffrent d’immunosuppression. La recherche suggère qu’une réponse anticorps affaiblie, en particulier dans les voies respiratoires inférieures de ces patients chroniques, peut empêcher la guérison complète du virus et conduire le virus à muter plusieurs fois au cours d’une longue infection. La capacité du virus à survivre et à se reproduire dans l’organisme du patient immunodéprimé, sans restriction, conduit à l’évolution de nombreuses variantes.

De plus, les variantes trouvées parmi les personnes atteintes de maladies chroniques avec COVID-19 portent bon nombre des mêmes mutations dans leur évolution que celles présentes dans les variantes préoccupantes (VOC) pour les maladies graves, en particulier les mutations associées à l’évasion des anticorps. Les nouvelles découvertes indiquent que si les variantes à propagation rapide sont rares parmi les nombreuses souches transmises par des patients immunodéprimés, la probabilité augmente et elles surviennent lorsque les taux d’infection mondiaux augmentent.

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Cette recherche est publiée dans Médecine naturelledans l’article, “Moteurs de l’évolution adaptative lors d’infections chroniques par le SRAS-CoV-2.

Adi Stern, PhD [Tel Aviv University]

Depuis le début de COVID-19, la vitesse à laquelle le virus évolue a été quelque peu déroutante pour Adi Stern, PhD, professeur de biotechnologie à l’École Shmunis de biomédecine et de recherche sur le cancer à la Faculté Wise des sciences de la vie de l’Université de Tel Aviv. Au cours de la première année de la pandémie, un taux de mutations relativement lent mais constant a été observé. Cependant, depuis fin 2020, le monde assiste à l’émergence de variants qui se caractérisent par un grand nombre de mutations, dépassant largement le taux observé au cours de la première année. Diverses hypothèses scientifiques sur le lien entre les patients atteints de COVID-19 chronique et le taux d’accumulation des mutations ont fait surface, mais rien de définitif n’a été prouvé.

«Le coronavirus», a noté Stern, «se caractérise par le fait que dans chaque population, il y a des personnes qui deviennent infectées de manière chronique. Dans le cas de ces patients, le virus reste dans leur corps pendant une longue période et ils présentent un risque élevé d’infection récurrente. Dans tous les cas observés jusqu’à présent, il s’agissait de patients immunodéprimés. En termes d’évolution biologique, ces patients constituent un «incubateur» de virus et de mutations – le virus persiste longtemps dans leur corps et réussit à s’adapter au système immunitaire, en accumulant diverses mutations.

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L’étude a recherché des facteurs d’émergence de type COV en consolidant les résultats de séquençage d’un ensemble de 27 infections chroniques chez des patients du Tel Aviv Sourasky Medical Center.

Selon Stern, les résultats révèlent une image complexe ; bien qu’aucun lien direct n’ait été trouvé entre le traitement médicamenteux anti-COVID-19 et le développement de variantes, les chercheurs ont découvert que c’est probablement le système immunitaire affaibli des patients immunodéprimés qui crée une pression pour que le virus mute.

La plupart des substitutions dans cet ensemble, ont noté les auteurs, reflétaient des mutations VOC définissant la lignée; cependant, un sous-ensemble de mutations associées à une transmission mondiale réussie était absent des infections chroniques.

En fait, les chercheurs ont découvert qu’il y avait des patients chroniques qui présentaient un schéma de guérison apparente, suivi d’une infection virale récurrente. Chez tous ces patients, une forme mutée du virus est apparue, suggérant que la guérison n’avait pas été obtenue ; cela rappelle en partie le VIH après un traitement médicamenteux inadéquat.

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Après un examen plus approfondi de certains patients, les chercheurs ont découvert que lorsqu’un tel schéma de récupération apparente est observé (sur la base d’écouvillons nasopharyngés négatifs), le virus continue de se développer dans les poumons des patients. Les chercheurs suggèrent donc que le virus accumule des mutations dans les poumons, puis retraverse les voies respiratoires supérieures.

Les auteurs pensent qu’ils ont trouvé des preuves de populations virales polymorphes dynamiques chez la plupart des patients, ce qui suggère qu’un système immunitaire affaibli sélectionne l’évasion des anticorps dans des niches particulières du corps d’un patient. De plus, il existe un compromis entre l’évasion et la transmissibilité des anticorps et une surveillance approfondie des infections chroniques est nécessaire pour mieux comprendre l’émergence des COV.

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